根據全國人大常委會、衛生部有關部門聯合編寫的《執業醫師法解釋》對上述條款的解釋為，“執業助理醫師不能單獨在二級以上醫療機構單獨執業”。
在2004年8月衛生部、國家中醫藥管理局聯合下發的《處方管理辦法（試行）》中第五條規定：“經註冊的執業助理醫師開具的處方須經所在執業地點執業醫師簽字或加蓋專用章後方有效。經註冊的執業助理醫師在鄉、民族鄉、鎮的醫療、預防、保健機構執業，在註冊的執業地點取得相應的處方權。”這就明確了執業助理醫師在二級以上醫療機構沒有處方權，也就沒有任何單獨執業資格！由於此規定沒有在法規條文中明確顯示出來，在具體操作往往出現不統一的現象。
《醫療機構管理條例》把我國的醫療機構分為三級。一級為鄉鎮醫療機構。二級為縣、區醫療機構。三級為市級以上醫療機構。一般說來，在二級以上醫療機構，主治醫師以上人員就比較多了，他們有足夠的帶教條件，能夠很好地指導執業助理醫師從事基本的醫療業務。如果在這樣的醫療機構里，仍然讓助理醫師獨立地做“相應”醫療業務，甚至負責診療工作，是明顯的醫療機構的違法行為。