不論儒學在隋朝尚存在多少問題和困境，但伴隨著隋朝在政治上的南北統一，儒家學術確實表現出相當明顯的統一趨勢，這種趨勢不僅表現在儒家學術南北差異的逐漸消失和彌合，而且充分表現在儒家學者已開始能夠以坦然的心態面對釋道二教，既站在儒家立場批判釋道二教的思想異端，也能大度吸收和融化釋道二教的"合理 "思想要素。然而，隋朝的立國歷史畢竟過於短暫，儒家學術的這種趨勢在隋朝只是顯露端倪，而真正將這種趨勢變為現實，並由推動這種現實向理學過渡的還是唐朝的那些政治家和儒者。
漢代儒學重在明經，魏晉儒學重在義理，南北朝諸儒雖抱殘守缺，但當漢學已逝、唐學未興的絕續之際，南北諸儒所倡導的逐字逐句注釋經典的"義疏之學 "，實對唐代儒學的發展具有先導作用唐朝統治者對於儒學基本上是尊重和提倡的，然而由於儒釋道三教衝突與鬥爭的複雜背景，因而在各個時期的表現並不完全一致。唐朝建國之初，原則上是以儒釋道三教並舉作為思想文化領域的基本國策。高祖李淵個人對儒學甚有好感，頗重儒臣，即位之始，就下令恢復學校，置國子、太學、四門生，合三百餘員，郡縣學亦各置生員，為儒學的恢復提供了基本前提和條件。武德二年(619）又下詔說："膚君臨區宇，興化崇儒，永言先達，情深昭嗣。宜令有司於國子學立周公、孔子廟各一所，四時致祭。仍博求其後，具以名聞，詳考所聞，當加爵?"，明白提倡"儒學聿興"。並不時親臨國子學釋奠，聽諸生講解經義。武德三年，唐王朝在討平東夏之後，海內無事，更銳意於儒學，在太宗的倡議和直接組織下，於秦府開支學館，廣引文學之士，以杜如晦、房玄齡、虞世南、搐亮、姚思廉、李玄道、蔡允恭、陸德明、孔穎達、許敬宗等十八人各以本官兼署學士，分班輪值，講述儒學義理。
李淵、李世民父子對儒學的讚許與支持，無疑有助於改變儒學在隋朝居於三教之末的局面，並為三教合一提供現實的可能。然而從儒家學者的內在心情看，他們既無法忘懷儒術獨尊的輝煌歲月更難以真正與釋道二教和平共處，良性互動。因而，當他們遇到李淵父子這樣明確支持儒學的統治者時，他們不是保持適度的姿態去發展儒學，並為釋道二教留下必要的生存空間，而是站在強硬的立場上，堅決排斥釋道二教。武德七年(624)，太史承傅變在所上《請除去釋教》疏中說："佛在西域，言妖路運；漢譯胡書，恣其假託。故使不思不存，削髮而揖君親；游手遊食，易服以逃租賦。演其妖書，述其邪法，偽啟三途，謬張六道，恐嚇愚夫，詐欺庸品。凡百黎庶，通識者稀；不察根源，信其矯詐，乃追既往之罪，虛規將來之福；布施一錢，希萬倍之報；持齋一日，冀百日之糧。遂使愚迷，妄求功德；不憚科禁，輕犯憲章。其有造作惡逆，身墜刑網，方乃獄中禮佛，門誦佛經，晝夜忘疲，規免其罪。且生死壽天，由於自然，刑德威福，關之人主。乃謂貧富貴賤，功業所描，而愚僧矯詐，皆雲由佛。竊人主之權，擅造化之力，其為害政，良可悲矣廣顯而易見，傅奕是站在傳統儒學的立場上排斥佛教的。
排斥佛教或許有利於儒學的發展，但並不必然合乎統治者的利益。唐初統治者的真實想法，是儒釋道三教並重，既不允許儒學一枝獨秀或獨尊，當然更不可能徹底排斥釋道二教。李淵在同一年所下的興學詔書說："三教雖並，善歸一掇。沙門事佛，靈宇相望。朝賢宗儒，辟雍頓廢。公正以下，寧得不慚。"顯然是以三教並用為意識形態的基本原則。鑒於此，唐初統治者當然不會一味支持傅奕的反佛主張，李淵詔令百官議其事，唯太僕卿張道源稱變奏"合理"，而中書令蕭王禹及佛教徒明概等人卻一味反對。明概在《決對傅奕度佛僧事》中說："釋迦憫斯塗炭，哀其沈溺，陳經敦勸善以誘賢，制戒律禁惡以懲罪，皆令息妄歸真，還源返本。"佛教不僅是為了治天下而產生，而且其功能也並不比儒學差，"比手中原之地，上古之初，世朴時淳，書契未作，民澆俗偽，典籍方興。故周公不出於上皇，孔子唯生於下代，制禮作樂，導俗訓民，致治興風，匡時救弊，皆欲令止澆息競，返素還淳，出於釋迦，其揆一也?"那么還有什麼必要排斥佛教呢?於是由傅奕引發的這場爭論終李淵一朝不了了之。
這樣說當然並不意味著博奕的反佛理論沒有產生絲毫影響。事實上，由於寺院經濟的惡性膨脹，以及寺院內部的混亂等，世俗王權在利用佛教的同時，也不能不對佛教的發展加以遏制。武德九年（626），李淵發布《沙汰僧道詔》，雖不像傅奕建議的那樣徹底廢除佛教，但其整頓、純潔宗教的想法顯然也是在一定程度上對博奕反佛建議的回應。李淵說："乃有猥賤之侶，規自尊高，浮惰之人，苟避徭役，妄為剃變，托號出家，嗜欲無厭，營求不息，出入閭里，周鏇閫閫，驅策畜產，聚積貨物，耕織為生，估販成業，事同編戶，跡等齊人，進違戒律之文，退無禮典之訓。至乃親行劫掠，躬自穿窬，造作妖訛，變通豪猾，每罹憲網，自陷重刑，黷亂真如，傾毀妙法。譬茲稂萎，有穢嘉苗；類彼瘀泥，混夫清水。"如此混亂與不潔，不進行整頓與淘汰怎么行呢?於是李淵決定："諸僧、尼、道士、女冠等，有精勤練行，守戒律者，並令就大寺、觀居住，官給衣食，勿令乏短。其不行精進、戒行有闕者，不堪供養，並令罷退，各還桑梓。所司明為條式，務依法教，違制之事，悉宜停斷。京城留寺三所、觀二所，其餘天下諸州，各留一所。余悉罷之。"這就是李淵對傅奕建議的回答。
李淵沙汰僧道的決定雖然有利於儒學的發展和地位的提升但勢必破壞三教並立的格局，有損於唐王朝的政治統治，因此當這道詔令下達僅僅兩個月左右的時間，李淵又下令撤銷這一決定，"其僧、尼、道士、女冠宜依其舊。"由此既可見唐初統治者對三教的真實心跡，也可知三教衝突在唐初是何等嚴重。
李淵未能解決儒佛之間的衝突就傳位太宗李世民。李世民曾多次公開宣布"朕於佛教，非意所遵"；朕所好者，唯堯、舜、周、孔之道?"然而出於現實政治的考慮，李世民也不願破壞三教並立並用的既成格局。他在即位伊始，就向反佛健將傅奕問道："佛道玄妙，聖跡可師，且報應顯然，屢有徵驗，卿獨不悟其理；何也？”及聽傅奕複述"佛是胡中桀黠，欺誑夷狄，……於百姓無補，於國家有害"的觀點後，卻又"頗然之"，表現出模稜兩可的態度。
儒釋道三教的衝突在唐初愈演愈烈，李世民模稜兩可的態度顯然無助於問題的解決，他雖然清醒地意識到佛教無益於治國："至於佛教，非意所遵。雖有國之常經，固弊俗之虛術。何則?求其道者，未驗福於將來；修其教者，翻受辜於既往。至若梁武窮心於釋氏，簡文銳意於法門，傾帑藏以給僧祗，殫人力以供塔廟。及乎三淮沸浪，五嶺騰煙，假余息於庶蹯，引殘魂於雀彀。於孫覆亡而不暇，社稷俄頃而為虛，報施之徵，何其謬也?"然而，他既無法，也不願真的廢佛教，而是即位之初，便下令"復浮屠、老子法"。
李世民基於現實政治的考量不可能廢除佛道二教而獨尊儒術，但作為一代英主，他內心深處當然明白唐王朝真正應該依賴的精神支柱只能是儒學，他不止一次地說過： "朕今所好者，惟在堯舜之道，周孔之教。以為如烏有翼，如魚依水，失之必死，不可暫無耳。"據記載，在他即位之後，繼續執行為秦王時所制定的重儒政策，尊崇儒學，提倡教化，設弘文殿集四部之書二十餘萬卷，殿側開弘文館，精選天下儒學名士於殿內講論經義，商討政事，或至夜分力罷。又詔勛賢二品以上之子孫來弘文館就學，為弘文館學生。貞觀二年，停以周公為先聖，始立孔子廟堂於國學，以宜父為先聖，顏子為先師。大征天下儒士以為學官。數幸國學，令祭酒、博士講論，並不時賜以柬帛。學生能通一經以上者，鹹得署吏。又於國學增築牛舍＿乾二百間，太學、四門博士亦置生員。是時四方儒士，多抱負典籍，雲會京師。高麗、百濟、新羅、高昌、吐蓄等諸國酋長，亦遣子弟請大於國學之內。"鼓筐而開講篷者八千餘人，濟濟洋洋焉，儒學之盛，古背末之有也。"儒學的地位提升到了相當高的程度，在三教中居於中心地位。
釋道二教既然無法與儒學爭雄，於是相互之間的關係又趨緊張。它們一方面援引儒學攻擊對方，一方面在佛道先後的問題上手論不休，大有你死我活的味道。於是先有李淵於武德八年(625），下詔論三教先後，欽定為老先、次孔，最後為佛的排行次序。李淵之所以將道教排為第一，是因為唐皇室為了抬高家族的社會地位，自從足老子李耳的後裔，因此終有唐一朝幾百年，不論儒學地位怎樣高，而道教實際上一直是唐王朝的國教。因此，連博奕也不能不在《請廢佛法表》中援老結盟，以為唐王朝意識形態的正確選擇應該是"布李老無為之風，而民自化；執孔子敬愛之禮，而天下孝慈。"並在臨終時淳淳告誡其子："老、莊玄一之篇，周、孔六經之說，是為名教，汝宜習之。妖胡亂華，舉時皆惑，唯獨竊嘆，眾不我從，悲夫!汝等勿學也!"由此可知道教地位之高。
儒道聯手是唐初三教衝突中的事實，但李淵欽定的三教次序並沒有使佛教徒真正心服，於是到了貞觀十一年(637)二月，李世民在訪求孝悌儒術之士、推崇儒學的同時，發布《道士女冠在僧尼之上詔》，依然確認道先佛後的次序。他強調："老君垂範，義在清虛；釋迦貽則，理存因果。求其數也，汲引之跡殊途；窮其宗也，宏益之風齊政。然大道之興，肇於邃古，源出無名之始，事高有形之外，邁兩儀而運行，包萬物而亭育，故能經邦致治，反樸還淳。至如佛教之興，基於西域，逮於後漢，方被中華，神變之理多方，報應之緣匪一；泊乎近世，崇信滋深，人冀當年之福，家懼來生之禍。由是滯俗者聞玄宗而大笑，好異者望真諦而爭歸，始波涌於間裡，終風靡於朝廷，遂使殊俗之典郁為眾妙之先，諸華之教翻居一乘之後，流遁忘返於茲累代。今鼎祚克昌，既憑上德之慶；天下大定，亦賴無為之功。宜有改張，闡茲玄化。自今已後，齋供、行法，至於稱謂，道士、女冠可在僧、尼之前。庶敦反本之俗，暢於九有；尊祖之風，貽諸萬葉。"站在經邦治國的立場上，唐太宗重申道先佛後的次序。
唐太宗的這一決定理所當然地再次招致佛教徒的激烈反對；李世民在採取強制性措施的同時，也不能不對佛教徒的要求有些微讓步。貞觀十五年(641)，他到弘福寺向僧人解釋道先佛後政策的背景時說："以老君是膚先祖，尊祖，重親，有生之本，故令在前。”並同時宣布一項變通政策："今李家據國，李老在前；若釋家治化，則釋門居上！”這樣，才將道佛之間的衝突基本平息。
在唐初三教衝突的過程中，由於統治者的大力支持，儒學一直處在比較有利的地位，但是如果從儒學自身的情況看，由於前此幾百年的中衰和分裂，儒學很難真正擔當起意識形態的主帥作用。因此，唐太宗在著意提高儒學地位的同時，也不能不著手整頓儒學。據《舊唐書·儒學傳序》，貞觀四年(630),"太宗又以經籍去聖久遠，文字多訛謬，詔前中書侍郎顏師古寺定《五經》，頒於天下，命學者習焉。又以儒學多門，章句繁雜，詔國子祭酒孔穎達與諸儒撰定《五經》義疏，凡一百七十卷，名曰《五經正義》，令天下傳習。十四年，詔日：’梁皇佩、裙仲都，周熊安生、沈重，陳沈文阿、周弘正、張譏，隋何妥、劉舷等，並前代名儒，經術可紀。加以所在學徒，多行其疏，宜加優異，以勸後生。可訪其子孫見在者，錄名奏聞，當加引擢。’二十一年，又詔曰：‘左丘明、卜子夏、公羊高、毅梁赤、優勝、高堂生、戴聖、毛甚、孔安國、劉向、鄭眾、杜子春、馬融、盧植、鄭玄、服慢、何休、王肅、王搗、杜元凱、范寧等二十一人，並用其書垂於國肖，既行其道，理合褒崇。自今有事太學，可與顏子俱配享孔子廟堂。，其尊重儒道如此。"即通過對儒家經典的系統整理和對歷代名儒的褒揚，提高儒學的地位，完成儒學思想體系的重新建構。
貞觀時儒家經典的整理具有非同尋常的意義，它不僅真正結束南北經學義例的分歧，在版本和經義兩個方面達到形式上的統一，而且，此次經典整理是在政治統一、政治穩固之後以政府為主導的主動行為，因而整理後的經典便容易最大限度地滿足意識形態的需求，成為官方教科書。故而馬宗霍在《中國經學史》中評論此事說?"自《五經》定本出，而後經籍無異文；自《五經正義》出，而後經義無異說。每年明經，依此考試，天下士民，奉為主臬。蓋自漢以來，經學統一，末有若斯之專且久也。"
此次經典整理，起於貞觀四年 (630)，成於高宗永徽四年(653)，前後長達二十餘年。參加者除顏師古、房玄齡、孔穎達等名儒領銜外，實際撰修者皆為各個門類的專家。據皮錫瑞《經學歷史》研究，?"穎達人唐，年已毫老；豈盡逐條親閱，不過總攬大綱。諸儒分治一經，各取一書以為底本，名為創定，實屬因仍。書成而穎達居其功，論定而穎達屍其過。究之功過非一人所獨擅，義疏並非諸儒所能為也。其時同修《正義》者，《周易》則馬嘉運、趙乾葉，《尚書》則王德韶、李子云《毛詩》則王德超、齊鹹〈春秋》則谷那律、楊士勛，《禮記》則朱子奢、李善信、賈公彥、柳士宣、范義、張權。標題孔穎達一人之名者，以年輩在先，名位獨重耳。"據此可知《五經正義》實為集體勞動的成果，因而其水平也難免參差不齊，內容也容或有自相矛盾之處，體例也並非整齊劃一。據《五經正義》各書序言川周易正義》以玉弼注為本?"去其華而取其實，欲使信而有徵，其文簡而理約，寡而制眾，變而能通"，但王注畢竟參雜許多老莊虛無的玄理，故而《周易正義》的疏艾亦難免失之虛浮。〈尚書正義》以東晉梅賾所獻孔傳本為本，以為"古文經雖然早出，晚始得行。其辭富而備，其義弘而雅。故復而不厭，久而愈亮。江右學者，鹹悉主焉。"於是《正義》在前代學者工作的基礎上，"覽古人之傳記，質近代之異同，存其是而去其非，削其煩而增其簡"，工作不可謂不辛苦。殊不知孔傳之偽，並不足以憑信。他如《毛詩正義》，以《毛傳》、《鄭箋》為本，並參酌劉焯、劉炫之注，以?"焯、炫並聰穎特達，文而又儒，擢秀乾於一時，騁絕轡於千里，固諸儒之所揖讓，日下之無雙"。只是"焯、炫等負恃才氣，輕鄙先達，同其所異，異其所同；或應略而反詳，或宜詳而更略"，故亦"削其所煩，增其所簡，再如《禮記正義》，亦以鄭注為本，兼主皇侃、熊安生等眾家，唯"熊則違背本經，多引外義，猶之楚而北行，馬雖疾而去愈遠矣。又欲釋經文，唯聚難義，猶治絲而棼之，手雖繁而絲益亂也。皇氏雖章句詳正，微稍繁廣；又既遵鄭氏，乃時乖鄭義；此是木落不歸其本，狐死不首其?"。"然以熊比皇，皇氏勝矣。"故《禮記正義》仍據皇氏以為本，其有不備，則以熊氏補焉，精於揀擇與分析，故而一般認為，在《五經正義》中，以《毛詩正義》、《禮記正義》為優。最後為《春秋左傳正義》，此書以杜預注為本，吸收南北朝義疏成果，並參酌劉炫、沈文何、蘇寬等人的成果，擇善而從，以為定本，引據的材料較為豐富、注釋的內容也相當全面。只是過於拘守"疏不破注"的原則，因而在引征各家注釋時，基本以杜注作為取捨標準，凡有違反杜注之處一般必定駁之，甚至不惜曲徇杜注之誤，這樣便不可避免地影響此書的學術價值。
《五經正義》是唐初儒家經典整理工作的重頭戲，但並不代表這項工作的全部。除《五經正義》外，唐初學者的重要著作還有許多諸如陸德明的《經典釋文》，賈公彥的《周禮疏》、《儀禮疏》，徐彥的《春秋公羊傳疏》，楊士勛的《春秋觳梁傳疏》，以及李鼎祚的《周易集解》等，都頗負盛名，價值甚高。尤其是陸德明《經典釋文》之說發展演變的基本情況都有概況性的描述與總結，因而引起歷史儒學研究者的高度重視。