按照增值稅法規的規定，企業的運輸費用可計提進項稅額予以抵扣，但要區別運費支付方式、所運貨物的用途、運費的具體項目以及運費單據的性質等，情況較為複雜。所以，在對企業運輸費用進行增值稅檢查時，特別應注意以下幾個問題：
一、運輸費用是企業自己支付並承擔，還是為對方企業代墊、由對方承擔。
企業的運輸費用包括銷售貨物和購進貨物的運輸費用。不論是哪一種運輸費用，都要分清是出企業自己支付、承擔的，還是為對方企業代墊的。企業自己支付並承招的運輸費用，可以在取得運輸發票時計提進項稅額進行扣除。而為對方企業代墊的運輸費用，雖然由企業暫先支付，但最終要巾對方企業承擔，企業自己不能計提進項稅額抵扣。而且，如果代墊運輸費用不符合下列兩個條件：即承運者的運費發票開具給購貨方，銷貨方將該運輸發票轉交給購貨方的。銷貨方不僅不能對此項運輸費計提進項稅額進行扣除，還要將此項運輸費用作為銷售貨物的價外費用合併到銷售額中一併計算銷項稅金。
二、運輸費用中哪些項目可計提進項稅額，哪些不能計提進項稅額。
企業運輸費用中哪些項目可計提、進項稅額抵扣哪些不能計提，一是要看其購進貨物的具體用途，與生產或銷售應稅項目直接相關的購進貨物的運輸費用，如購進應稅產品用的原材料及輔助材料、動力等可依法計提進項稅額抵扣。與生產或銷售應稅項目不直接相關的購進貨物的運輸費用不得計提進項稅額抵扣，如非應稅項目、免稅項目、固定資產等購進貨物的運輸費用。二是要看運輸費用的構成、嚴格意義上的運輸費用及運輸單據上註明的建設基金可以依法進行抵扣，隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。
三、運費單據哪些可作為計提進項稅額的依據，哪些不得作為計提進項稅額的依據。
企業各種運費單據中哪些可作為抵扣依據？專門的貨物運輸發票可以抵扣，客運發票不能抵扣。在貨運發票中，發票上的各種主要內容必須填寫齊全，否則給予抵扣。
主要是看開具運費單據的單位及運費單據的性質。銷貨方開具的增值稅專用發票上的運費、專業運輸單位開具的套有全國統一發票監製章的普通發票上的運費可以依法計提進項稅額抵扣，銷貨方開具的普通發票上的運費及專業運輸單位開具的未套印全國發票監製章的運單上的運費，以及其他單位開具的運單上運費不得計提進項稅額抵扣。
另外納稅人的運輸費用能否抵扣，還要看納稅人對收購憑證的使用與保管情況，如果納稅人使用未經稅務機關批准的收購憑證，以及不按稅務機關要求使用、保管收購憑證的，不論是貨物的進貨金額還是其運輸費用都不得計提進項稅額抵扣。