出口貨物只有在適用既免稅又退稅的政策時，才會涉及如何計算退稅的問題。由於各類出口企業對出口貨物的會計核算辦法不同，有對出口貨物單獨核算的，有對出口和內銷的貨物統一核算成本的。為了與出口企業的會計核算辦法相一致，原《出口貨物退（免)稅管理辦法）規定了兩種退稅計算辦法，一種是：出口企業兼營內銷和出口貨物，且其出口貨物不能單獨設賬核算的，應先對出口的貨物免徵出口環節增值稅，然後對內銷貨物計算銷項稅額並扣除當期進項稅額後，對未抵扣完的進項稅額再用公式計算出口貨物的應退稅額。這種計算辦法，簡稱為“免、抵、退” 辦法，在1994年辦理退稅時，主要適用於對內外銷貨物實行統一核算成本的生產企業。1997年2月國務院決定凡是具有進出口經營權的生產企業（包括內資企業、1994年1月1日以後批准設立的外商投資企業及生產型集團公司）自營出口或者委託外貿企業代理出口的貨物，除了另有規定者外，自1997年1月1日日起，一律實行“免、抵、退”辦法。1993年12月31日前已批准設立的外商投資企業出口貨物，自2001年1月1日後也按此辦法執行。免稅，是指對上述貨物免徵本企業生產銷售環節的增值稅；抵稅，是指上述貨物應當免徵或者退還的所耗用的原材料、零部件等已納增值稅稅款，抵頂內銷貨物應納的增值稅稅款；退稅，是指上述貨物占本企業當期全部貨物銷售額50％以上的，在一個季度內，由於應當抵頂的增值稅稅額大於應納稅額而未抵頂完時，經過主管稅務機關批准，對未抵頂完的稅額予以退稅。
另一種計算辦法是：出口企業將出口貨物單獨設立庫存賬和銷售賬記載的，就依據購進出口貨物增值稅專用發票所列明的進項金額和退稅率計算應退稅額。由於運用這種辦法是對購進的出口貨物先繳稅，然後再納入國家出口退稅計畫審批退稅，因此，簡稱為“先征後退”辦法，主要適用於未按第一種“免、抵、退”辦法退稅的其他生產企業和外貿企業。
1995年，國務院調低退稅率後，財政部、國家稅務總局頒發的《出口貨物退（免）稅若干問題規定》對上述退稅辦法作了一定的修改。經修改後從1995年7月1日起執行的退稅辦法如下：
1．對確定為按“免、抵、退”辦法辦理出口退稅的有進出口經營權的生產企業和1994年1月1日以後批准設立的外商投資企業，在1995年7月1日以後報關離境直接出口或委託代理出口的自產貨物，其辦理出口退（免）稅的程式是：
（1）免徵出口環節增值稅；
（2）按該貨物所適用的增值稅稅率與其所適用的退稅率之差乘以出口貨物的離岸價格折合人民幣的金額，計算出口貨物不予抵扣或退稅的稅額，從當期（是指一個季度內，下同）全部進項稅額中剔除，計入產品成本；
（3）用剔除後的進項稅額餘額，抵扣內銷貨物的銷項稅額，計算當期應納稅額；
（4）如果當期應納稅額為負數，且該企業出口貨物占當期全部貨物銷售額50％以上，則對當期未抵扣完的進項稅額按公式計算應退稅額：如果該企業出口貨物占當期全部貨物銷售額50％以下，則對當期未抵扣完的進項稅額結轉下期繼續抵扣，不予辦理退稅。
上述(2)(3)(4)項抵、退稅計算具體步驟及公式是：
當期不予 當期出 外匯 增值稅出口
抵扣或退 = 口貨物 * 人民幣 * （ 條例規 - 貨 物）
稅的稅額 離岸價 牌價 定的稅率退稅率
當期 當期內銷 當期全 當期不予 上期末抵
應納= 貨物的銷- （ 部進項 - 抵扣或退 ） - 扣完的進
稅額 項 稅 額 稅 額 稅的稅額 項 稅 額
若當期應納稅額為負數，也就是說，當期還有未抵扣完的進項稅額，且該企業出口貨物占當期全部貨物銷售額50％以上，計算應退稅額的公式是：
①當出口貨物離岸價5外匯人民幣牌價5退稅率≥未抵扣完的當期進項稅額時，
退稅額=未抵扣完的當期進項稅額
②當出口貨物離岸價*外匯人民幣牌價*退稅率<未抵扣完的進項稅額時，
退稅額=出口貨物離岸價*外匯人民幣牌價*退稅率
結轉下期的進項稅額＝當期未抵扣完的進項稅額一應退稅額
在運用上述抵、退稅公式時要注意三點：一是，公式中的“當期”均指一個季度，這就是說，計算抵、退稅要以一個季度內的有關數據核算；二是，企業出口額小於當期全部銷售額50％的，對當期未抵扣完的進項稅額不能計算退稅，只能結轉下期抵扣；三是，上述辦法只適用於有進出口經營權的生產企業，不適用外貿企業和特定的準予出口退稅的企業，這類企業適用下述第3、第4計算辦法。