同一地區或城市，實行“總部-分店”管理模式。總部對分店的商品配送，作為內部移庫處理，統一核算，統一申報繳納增值稅。
例如：某食品銷售連鎖企業在同城有4家連鎖分店，是一般納稅人。2004年1月，4家分店銷售情況，甲店實現銷售收入58.50萬元（含稅）；乙店實現銷售收入81.90萬元（含稅）；丙店實現銷售收入105.30萬元（含稅）；丁店實現銷售收入117萬元（含稅）；由總店計算、申報、繳納增值稅。
銷售額=（含稅銷售額）/（1+增值稅率）
=（585000+819000+1053000+1170000）/（1+17%）
=3100000（元）
會計分錄：
借：銀行存款 36270000元
貸：應交稅金——應交增值稅（銷項稅額） 527000元
主營業務收入 3100000元
借：應交稅金——應交增值稅（已交稅金）527000元
貸：銀行存款 527000元
不同一地區或城市，可在非總部所在地區或城市設定地區總部，實行“總部——地區總部——分店”的管理模式。總部對地區總部的商品配送，按稅法規定必須作為銷售處理，經申請可由總部統一核算，統一向總部所在地主管稅務機關申報、繳納增值稅。
例如：某綜合超市連鎖總店，是增值稅一般納稅人，有跨地區連鎖店2個。2004年1月，總店購進500萬元的貨物，進項稅金85萬元，取得專用發票，已付款。由總店對跨地區連鎖店配送商品，開具專用發票，其中甲店300萬元，銷項稅金51萬元；乙店400萬元，銷項稅額68萬元。總店統一計算、申報、繳納增值稅。
總店購進貨物會計分錄：
借：物資採購 5000000元
應交稅金——應交稅金（進項稅額） 850000元
貸：銀行存款 5850000元
總店對跨地區連鎖店配送商品會計分錄：
借：應收賬款——甲店 3510000元
——乙店4680000元
貸：應交稅金——應交稅金（銷項稅額） 1190000元
主營業務收入 7000000元
總店繳納增值稅會計分錄：
借：應交稅金——應交增值稅（已交稅金） 340000元
貸：銀行存款 340000元
註：應交增值稅=1190000-850000=340000元
按照增值稅條例規定，跨地區經營的連鎖企業，即連鎖店的分店均由總部全資或控股開設，在總部領導下統一經營的連鎖企業，要求採取微機聯網，實行統一採取配送商品，統一核算，統一規範化管理和經營，並經有關國稅機關審批同意，可對總店和分店實行由總店向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅。至於自願連鎖、特許連鎖，其納稅地點不變，仍由各獨立核算分店分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。