由於出發點和側重點的不同，我國新會計制度（指2000年12月29日財政部發布的《企業會計制度》，以下簡稱《制度》）與稅法在增值稅的有關規定上存在著較大的差異。作為納稅人的企業。應當充分掌握企業會計制度與稅法的差異，從而準確地執行稅法，履行納稅義務，減少納稅風險。
從目前來看，規範企業關於增值稅納稅行為的法規主要有1993年12月13日國務院頒布的《中華人民共和國增值稅暫行條例》（以下簡稱《條例》）和《增值稅暫行條例實施細則》（以下簡稱《細則》），以及相關的補充規定。它們與《制度》的差異具體表現為以下幾個方面：
一、納稅範圍上的差異
根據《條例》的規定，我國現行增值稅的納稅範圍包括銷售或進口的貨物以及提供的加工、修理修配勞務，對於實務中的特殊項目和銷售行為，《條例》、《細則》
以及補充規定也作了較為具體的規定。《制度》在總體上遵循了稅法關於納稅範圍的有關規定，並在賬務處理上予以體現。兩者在納稅範圍上的差異主要表現在某些特殊銷售行為納稅義務的規定，在這些項目上，稅法規定需要繳納增值稅，而《制度》沒有做出相應的規定或規定得不夠詳細。
1.融資租賃業務
國稅發[2000]514號《轉發關於融資租賃業務徵收流轉稅問題的通知》中規定，除了經中國人民銀行批准經營融資租賃業務的單位外（繳納營業稅），其他企業單位從事融資租賃方式業務的，在租賃期滿貨物所有權發生轉移時應繳納增值稅，未發生轉移的繳納營業稅。《制度》對於融資租賃中出租方企業的賬務處理沒有做出明確的規定，但從相關的資料看，現有處理在確認融資租賃產生的收入時，是通過遞延未確認融資收益來進行的，對於一般企業應計入“其他業務收入”。也就是說一般企業進行融資租賃並沒有被認為是一項銷售，更不用說增值稅銷項稅的確認了。
2.包裝物押金
根據《制度》的規定，企業出租、出借包裝物押金只有在逾期未收回而沒收的押金才確認為一項增值稅負債。但對於酒類企業，國家為了保證稅收徵收的完整性，做出了不同的規定。國稅發[1995]192號《關於加強增值稅徵收管理若干問題的通知》
規定，“從1995年6月1日起，對銷售除啤酒、黃酒外的其他酒類產品而收取的包裝物押金，無論是否返還以及會計上如何核算，均應併入當期銷售額徵稅。”因此，對於稅法規定的此類酒類產品而收取的包裝物押金應在確認其他應付款時就應確認增值稅負債，而不是等到逾期沒收時再確認。
二、納稅收入確認時點上的差異
納稅義務的確認時間是稅法的一項重要內容。對於增值稅而言，納稅義務的確認時點就是對銷售收入實現的確認。《制度》在銷售收入實現的確認上遵循的是實質重於形式以及謹慎性原則，側重於收入的實質性的實現，這是企業經營風險和會計核算的特點所決定的。而稅法不同，它側重於稅款的徵收，因為對於某個企業收入可能還沒有實現，但從整個社會的角度來看，其價值已經實現了，應當徵收增值稅。這種認識上的差異導致了《制度》與稅法在收入實現確認上的差異。
《條例》第十九條規定，“增值稅納稅義務發生時間：（一）銷售貨物或者應稅勞務，為收訖銷售款或者取得索取銷售款憑據的當天。……”具體的確認時間為：
（一）採取直接收款方式銷售貨物的，不論貨物是否發出，均為收到銷售額或取得索取銷售額的憑據，並將提貨單交給買方的當天。
（二）採取托收承付和委託銀行收款方式銷售貨物，為發出貨物並辦妥托收手續的當天。
（三）採取賒銷和分期收款方式銷售貨物，為按契約約定的收款日期的當天。
（四）採取預收貨款方式銷售貨物，為貨物發出的當天。
（五）委託其他納稅人代銷貨物，為收到代銷單位銷售的代銷清單的當天。
（六）銷售應稅勞務，為提供勞務同時收訖銷售額或取得索取銷售額的憑據的當天。
（七）視同銷售貨物行為，為貨物移送的當天。