車船使用稅的應納稅額，應當根據不同類型的車船及其適用的計稅標準分別計算。
其具體的計算方法如下：
（1）船舶應納稅額的計算。
船舶採用固定稅額，其應納稅額計算方法如下：
①機動船年應納稅額＝機動船的淨噸位×適用的年稅額
②非機動船年應納稅額＝非機動船的載重噸位×適用的年稅額
③拖輪年應納稅額＝拖輪的馬力數×1／2淨噸位×適用的年稅額
④拖輪所拖的非機動船年應納稅額＝非機動船的載重噸位×適用的年稅額
（2）車輛應納車船使用稅的計算。
車輛採取幅度稅額，由省、自治區、直轄市人民政府在規定的幅度稅額內，確定本地區的適用固定稅額。因此，計算車輛應納稅額時，應適用當地所規定的固定稅額。
①載貨汽車年應納稅額＝載貨汽車淨噸位×適用的年稅額
②機動車掛車年應納稅額＝掛車淨噸位×（載貨汽車淨噸位年稅額×70％）
③從事運輸業務的拖拉機年應納稅額＝所掛拖車的淨噸位數×（載貨汽車淨噸位每噸年稅額×50％）
④客貨兩用汽車應納稅額＝載人部分按乘人汽車稅額（輛數×年稅額）×50％
載貨部分，按機動載貨汽車稅額納稅。
⑤其他機動車和非機動車的年應納稅額＝輛數×適用的年稅