一、基本規定
企業在年度終了後3個月內，須對上年度的出口貨物退（免）稅情況進行全面清算，並將清算結果報主管出口退稅的稅務機關。主管出口退稅的稅務機關應對企業的清算報告進行審核，多退的收回，少退的補足。企業清算後，主管出口退稅的稅務機關不再受理企業提出的上年度出口退稅申請（國稅發［1994］031號）。
二、出口貨物退（免）稅清算
鑒於當前出口企業退（免）稅清算還沒有形成一個固定的和系統的制度，為詳細闡述出口企業出口貨物退（免）稅清算的有關規定，根據近幾年的清算工作實踐和國家稅務總局《關於做好1997年度出口貨物退（免）稅清算工作的通知》（國稅發［1998］22號），現將出口貨物退（免）稅清算的有關規定作如下介紹。
（一）清算程式
每年初，國家稅務總局下發上一年度（以下簡稱“清算年度”）出口貨物退（免）稅清算的通知。主管出口退稅的稅務機關收到清算通知後，應按清算通知要求，做好清算檔案的轉發、清算動員、開展清算、上報清算結果等工作。
一般地，開展清算先由出口企業自行清算，然後，清算稅務機關根據企業清算報告和清算通知規定的比例對其核查，國家稅務總局視情況再對清算進行抽查。
（二）清算範圍
一般地，出口貨物退（免）稅清算的範圍為上年度1月1日至12月31日報關出口離境並在財務上作銷售的出口貨物的退（免）稅款。以前年度應退未退結轉清算年度的退（免）稅款也可一併進行清算（國稅發［1998］22號）；對國稅發［1994］031號等檔案規定的特準退（免）稅的企業，也應進行清算。
1.出口企業應在清算年度的下一年度的3月31日以前，對清算年度出口貨物退（免）稅情況進行清算，並寫出清算書面報告，填寫清算表（見以下表格）。在企業清算期內（3月31日以前）出口企業仍未全部收齊出口貨物報關單、專用稅票、外匯核銷單的清算年度應退（免）稅款，應填寫“××年度出口企業出口退稅清算單證不齊備案表”（見以下表格），向主管出口退稅機關申報備案。對因單證不齊且已備案的未退稅單證，出口企業在清算年度的下一年度的5月31日前（見國稅發［1998］84號）仍未補齊單證的，已退稅款應予以追回（經批准的遠期結匯貿易除外），未退稅款不再辦理退稅。
2.出口企業清算結束後（進行清算的年度3月31日以後），出口企業必須於4月5日前，將清算報告、清算表等有關清算資料上報退稅機關，此後退稅機關不再受理出口企業提出的上年度出口貨物退（免）稅申請。退稅機關應對企業上報的清算資料進行清算核查，清算核實多退的稅款應限期追繳入庫，少退的稅款應補足。清算後，退稅機關應向出口企業發出“清算情況通知書”。“清算情況通知書”的內容包括：
（1）出口企業名稱、企業性質、清算範圍、企業當年出口額、主要出口品種等，清算後出口企業應退稅款、已退稅款等數據資料；
（2）清算中發現的問題，多退、少退、錯退的金額及原因分析；
（3）清算處理結果及意見。