目前，對常駐代表機構徵稅主要有三種計算方法。
第一種：按實計算徵稅。常駐代表機構能夠提供簽定的契約、佣金率等全部資料、憑證，並且建有帳冊，進行財務收支和成本費核算，其中，境外費用支出部分還能夠提供當地註冊會計師證明的，經稅務機關審查同意，可以按其申報的實際收入額計算徵稅。
第二種：核定收入額計算徵稅。常駐代表機構如果僅能提供在中國境內從事居間介紹，代理等簽訂的全部契約資料，但契約中沒有載明佣金金額（或者屬於同一常駐代表機構的多項業務契約，其中一部分契約載明佣金金額，一部分契約沒有載明佣金金額），不能提供準確的證明檔案和正確申報收入額的；或者不能提供準確的成本、費用憑證，正確計算應納稅額的，經稅務機關審查同意，可以用核定收入額的方法計算徵稅。
第三種：按經費支出額換算收入計算徵稅。常駐代表機構未能提供有效的契約、協定等憑證資料，正確區分應稅業務活動和不徵稅活動；或者代表機構經常與總機構共同向客戶提供各項服務，未能提供有效資料、憑證，正確劃分代表機構與總機構應分享的收入額；或者代表機構不能提供準確的證明檔案，區分其中自營商品貿易還是代理商品貿易及其他未能準確申報收入額的，稅務機關可依照營業稅暫行條例實施細則第十五條的規定，採用按經費支出換算收入方法確定收入額並據以徵收營業稅。