案例1：某市的建新旅行社，是建新國際大酒店的下屬企業，財務上實行獨立核算自負盈虧，主營旅遊業務，兼營出口貨物的國際代理業務。該企業1998年度申報繳納旅遊業務的營業稅10萬元，企業賬面上體現旅遊業務收入962萬元，其中付給其他單位的食宿交通費762萬元，這其中有58萬元是付給建新國際大酒店的食宿費。經核對有關原始憑據，發現支付的23萬元交通費部分是給該旅行社下屬的非獨立核算的汽車公司載運乘客的費用，列入公司的“費用”科目，在計算旅遊業務營業額時作為支付其他單位的費用作了扣除，未列入計稅營業額徵收營業稅。
稅務機關在研究對該旅行杜進行補稅問題時，大致有兩種不同的意見：第一種意見認為，對該旅行社支付的食宿交通費，除了付給下屬單位的交通費不能從計稅依據中扣除以外，支付給建新國際大酒店的食宿費也不能扣除。因為建新旅行社本身就是建新國際大酒店的下屬單位，稅法規定只有付給“其他單位”的食宿交通費可以扣除，建新國際大酒店相對建新旅行社來說不是“其他單位”，因此支付給建新國際大酒店的食宿費不能扣除。
第二種意見認為，建新旅行社支付給建新國際大酒店的食宿費用可以扣除，因為旅行社雖然是大酒店的下屬單位，但是經濟上是兩個不同的獨立單位，建新旅行社是獨立的法人，財務上實行獨立核算自負盈虧，因此，旅行社支付給酒店的食宿費用是應當扣除的。但是，旅行社支付給下屬非獨立核算汽車公司的交通費卻不應扣除。因為汽車運輸公司不是獨立核算單位，而是旅行社內部的經濟考核單位，其所謂的“運輸費用”實際上就是旅行社的經營收入，是不能從旅遊收入中扣除的。
我們傾向於第二種意見。為什麼對旅遊業徵稅要以旅遊業務收入減去支付給其他單位食宿交通費以後的餘額作為計稅依據呢？這主要是由於旅遊業務的特殊性所決定的，我們知道，旅遊業務不同於一般的服務業務，需要通過兩個或者多個服務單位的共同服務才能完成。其他單位為旅遊者提供食宿和交通服務，雖然是由旅遊企業統一安排、統一結算，但是，旅遊企業必須將收入按各自的服務內容進行分配。這種分配，從形式上看似乎是旅遊企業的成本支出，但從實質上看，是其他單位為旅遊者提供食宿和交通服務後所取得的經營收入。由此可見，旅遊企業所取得的實際旅遊收入，並不是從旅遊者手中所取得的旅遊費的全部，而是要扣除代旅遊者付給其他單位的費用，那么，對旅遊企業徵稅，理所當然只能以其實際取得的收入作為計稅依據。
通過上述分析，我們所得出的結論是，之所以對旅行社徵稅要扣除付給其他單位的食宿交通費，是因為其他單位也為旅遊提供了服務，理應取得經營收入，而其他單位取得這些經營收入是要按照相應的稅目稅率計算徵稅的。從本案例的情況來看，旅行社付給大酒店的收入，酒店是要納稅的，而付給下屬運輸公司的費用，由於運輸公司是非獨立核算單位，其實質還是旅行社的收入。因此，稅法中所說的“其他單位”，並不能完全從字面上的含義去理解，而應當根據其實質內涵去把握。
案例2：某個體戶1998年4月與某縣醫院簽訂了投資建房契約。契約規定：建房位置為縣醫院北面臨街場地，共建房34間，投資方式由該個體戶全部出資，房屋建成後所有權歸縣醫院。其中4間歸縣醫院使用，30間由縣醫院租賃給投資建房的個體戶，租賃費1000間／年，平均每年交30000元，從2000年起租期為16年，16年後房屋由醫院全部收回。
建房期間，該個體戶又以每間租期4年並一次收取租賃費16800元的價格租給了其他一些業戶，30間共收取租賃費504000元。按照契約規定，該個體戶租金收入的稅金由其個體戶繳納，醫院收取的租金由醫院繳納。該個體戶所建的房屋共投資30萬元。
上述經營活動事項，涉及到了多方納稅人，涉及到了營業稅的幾個稅目，納稅環節和計稅依據都比較複雜，特別是醫院的對個體戶的租金納稅，計稅依據到底是什麼？
當地稅務機關在確定徵稅時產生了很大的分歧，我們將討論中的幾種看法和傾向性意見進行了必要的分析。
（一）關於醫院的徵稅問題
關於醫院的徵稅問題。實際上是在徵稅範圍、計稅依據、納稅期限等三個問題上存在著不同意見。
關於徵稅範圍問題。一種意見主張按合作建房的徵稅規定處理，因為醫院與個體戶開始簽訂的是投資建房契約，一方出資金，另一方出場地，對出土地的醫院方要按照轉讓土地使用權的規定徵稅。另一種意見不同意按合作建房處理，因為建成後的房屋的所有權依然歸醫院，土地所有權沒有發生轉移，因此，對醫院應當按“服務業”稅目中的租賃業徵收營業稅。我們傾向於這種意見。