由於現代審計是建立在對內部控制的研究和評價基礎上的抽樣審計，所以註冊會計師每次審計都必須對被審計單位的內部控制進行研究和評價，以確定實質性測試的時間、性質和範圍，從而將檢查風險以至審計風險降低至可接受的水平。
1、對內部控制的研究包括了解和測試內部控制兩個程式，前者是必須進行的程式，而後者在每次審計當中並不是必須進行的程式。
2、對內部控制的評價一般包括三個程式：初步控制風險、再次評價控制風險和最終評價控制風險。
一、初步了解內部控制
（一）了解內部控制的程式（即實施什麼樣的了解程式？）
對內部控制的初步了解，主要是集中了解內部控制的設計和執行，是對內部控制的粗略的、不系統的了解，也就是說了解階段並不把主要精力放在內部控制的有效性上，但也並不排除了解階段不可獲得關於控制程式有效性的證據，比如執行同步符合性測試獲得的證據就在一定程度上反映內控的有效性。
註冊會計師執行了解程式通常所採用的方法有：
1、詢問有關人員，並查閱相關的內控檔案；
2、檢查內控生成的檔案和記錄；
3、觀察有關業務活動和內部控制的運行情況；
4、執行穿行測試程式。
在上述四個程式中，需要說明的是：詢問、查閱、檢查、觀察和執行穿行測試都是針對不同對象進行的，比如觀察程式就是針對相關控制程式的運行情況，而不是對控制程式本身進行觀察，控制程式本身的了解應當通過查閱和檢查的方式進行。
（二）了解控制環境
（三）了解會計系統
（四）了解控制程式（即各項控制政策和程式）
需要注意的是，控制程式比控制環境和會計系統更強調特定單項控制程式與特定認定直接的直接關係。也正是由於這一特點，註冊會計師在了解階段更應當把主要精力放在了解控制程式上，以獲得更具有說服力的證據。
控制程式包括五項內容：
1、交易授權對於交易授權而言，一般授權通常影響的是存在性認定；而對於特殊授權，通常還與估價或分攤認定相關，特殊授權通常是指對企業產出重大影響的交易授權，比如特別重大的銷售項目，管理當局不僅應當授權銷售部門批准銷售的權利，還應當要求銷售部門按照特定的價格批准銷售。
2、職責劃分
3、憑證與記錄控制
4、資產接觸與記錄使用
5、獨立稽核