阿米巴病由溶組織的阿米巴原蟲所致。其生活史中主要分為滋養體(大、小)和包囊二個階段。滋養體是致病因子，對藥物敏感。包囊是傳播因子，是復發的根源，對藥物不敏感。
(一)用於治療腸內外阿米巴病的藥物：
1、甲硝唑(甲硝基羥乙唑，滅滴靈)metronidazole：對組織、腸腔內大滋養體有強大的殺滅作用。口服對腸內阿米巴痢疾和腸外阿米巴病如肝膿腫均有很好的療效。可作為肝阿米巴膿腫的首選藥。本品為高效殺滴蟲藥。本品口服配合霜劑可殺滅毛囊蟲。對所有致病厭氧菌均有明顯抗菌作用，包括大部分產黑色素類桿菌、梭形桿菌、梭狀芽胞桿菌等。不良反應較少，主要是胃腸道反應。
2、依米丁(吐根鹼)emetine：作用特點：對組織中包括腸壁內的阿米巴大滋養體有強大殺滅作用。能迅速控制急性阿米巴痢疾症狀。吸收後肝中濃度最高。故主要用於肝阿米巴膿腫、急性阿米巴痢疾及慢性阿米巴痢疾的急性發作等，給藥後症狀迅速消失。因不能殺滅小滋養體，不能根治。本品為原生質毒物，對各種組織都有損害作用，主要是心臟毒性；局部刺激性強；有胃腸道反應；對橫紋肌有毒性反應。
3、其它：去氫依米丁dehydroemetine、碘化鉍依米丁、哌硝噻唑(硝噻唑)piperanitrozole等。
(二)用於治療腸內阿米巴病的藥物：
主要是殺滅或抑制腸內小滋養體，對包囊無殺滅作用，但可通過殺滅小滋養體達到清除包囊的效果。
1、鹵化喹啉類：本類藥有喹碘仿(安痢生，藥特靈)chiniofon、雙碘喹啉diodoquin、氯碘喹啉 iodochlorohydroxyquin等。口服後在腸內可釋放出碘，抑制大腸桿菌等共生菌群，使阿米巴小滋養體的營養(以細菌營養)供給缺乏，不能生長繁殖，產生間接殺滅小滋養體的作用。對包囊無殺滅作用，但可通過殺滅小滋養體達到清除包囊的效果，根治率很高。此類藥在組織分布很少，對組織內大滋養體作用較差或無效，療效慢。但根治率高，毒性低。主要用於輕型急、慢性阿米巴痢疾及無症狀帶蟲者。用於治療急性阿米巴痢疾與甲硝唑或依米丁合用，既可迅速控制急性症狀，又可達到根治效果。不良反應主要是腹瀉。
2、抗生素類：溶組織阿米巴小滋養體在腸道內必須獲得大腸菌叢(特別是大腸桿菌)的代謝產物才能生長繁殖，四環素、土黴素、巴龍黴素、紅黴素等能抑制這些菌叢生長，間接發揮抗阿米巴作用。用於治療急慢性阿米巴痢疾療效甚佳，根治率高，不良反應少，毒性低。但對腸外阿米巴無效。
3、卡巴胂carbarsone：為5價胂，對腸腔內阿米巴小滋養體和陰道滴蟲有直接殺滅作用。機理是與蟲體酶系統巰基結合，使酶失活。口服吸收很少，腸腔內濃度高，可肅清腸內小滋養體，清除包囊，取得根治效果。復發率較低。主要用於慢性阿米巴痢疾和無症狀帶蟲者。對急性阿米巴痢疾應先用甲硝唑或依米丁，待症狀控制後再用本品。也可與抗生素合用。本品毒性較大，常見噁心、嘔吐、腹瀉等，也可引起肝腎組織壞死。
4、其它：阿的平atebrine,atabrine、鴉膽子、白頭翁、大蒜等。
(三)治療腸外阿米巴病藥：
氯喹chloroquine：對阿米巴大滋養體有殺滅作用，僅次於依米丁。口服吸收完全，在肝中濃度極高，可超過血中濃度幾百倍。故對肝阿米巴膿腫有很高療效。對肺阿米巴膿腫亦有效。