1993年11月14日，中共中央十四屆三中全會《關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》指出：要制定各種職業資格的標準和錄用標準，實行學歷文憑和職業資格兩種證書制度。
此時，我國的執業藥師資格制度正在制訂之中。
1994年2月22日，勞動部、人事部聯合發布了《職業資格證書規定》，明確提出：執業資格是政府對某些責任較大，社會通用性強，關係公共利益的專業（工種）實行的準入控制，是專業技術人員依法獨立開業或獨立從事某種專業技術工作學識、技術和能力的必備標準。
此時，我國的執業藥師資格制度已經基本完成制訂工作，離頒布之日不到20天的時間。
1994年3月15日，原國家醫藥管理局與人事部聯合頒發了《執業藥師資格制度暫行規定》，同年認定了兩批總計1000多名執業藥師。
由此開始，首先在我國西藥領域拉開了執業藥師管理的序幕。
1995年7月5日，原國家中醫藥管理局與人事部聯合頒發了《執業中藥師資格制度暫行規定》。同年認定了434名執業中藥師。
由此開始，在我國中西藥領域都展開了執業藥師管理工作。
1995年10月，進行了首次執業藥師資格考試。
1996年10月，進行了首次執業中藥師資格考試。
1997年1月，《中共中央、國務院關於衛生改革與發展的決定》又明確提出要建立執業藥師資格制度。
1994至1998年這段時間，可以說是執業藥師管理工作的起步階段。此間，執業藥師資格制度只在藥品生產、經營領域施行；執業藥師的作用、重要性沒有得到足夠和廣泛的重視，藥學技術人員報考執業藥師的積極性一度不高，執業藥師數量增長緩慢。然而，這一階段卻為以後執業藥師管理工作的發展打下了重要的基礎。
1998年8月，國務院機構改革，組建了國家藥品監督管理局，賦予其實施執業藥師資格制度的職能，揭開了我國執業藥師管理工作新的篇章。
1999年4月1日，國家藥品監督管理局與人事部以人發[1999]34號檔案聯合頒布了修訂過的《執業藥師資格制度暫行規定》，執業藥師資格制度實行全國統一大綱、統一考試、統一註冊、統一管理，分類執業。《執業藥師資格制度暫行規定》在制度上使執業藥師管理覆蓋了藥品生產、經營和使用領域。
隨後依據《執業藥師資格制度暫行規定》，相繼修訂發布了相配套的《執業藥師資格考試實施辦法》、《執業藥師註冊管理暫行辦法》、《執業藥師繼續教育管理暫行辦法》等一系列規範性檔案。
繼1996年制定的高級職稱藥學人員雙科考試政策之後，1999年開始實行了合理下調報考人員工作年限、考試周期改為兩年等政策。在執業藥師管理工作中，執業藥師資格考試認證政策更趨於科學、合理，調動了廣大藥學技術人員報考執業藥師的積極性。
此時，執業藥師數量增長開始加快。
1999年10月，處方藥與非處方藥流通分類管理試點方案出台，試點工作啟動，深圳、無錫、棉陽三個地區和廣州、南京、北京、哈爾濱等地的部分藥品零售連鎖企業成為第一批試點地區和試點企業。
處方藥與非處方藥流通分類管理試點工作向業內發出了明確而強烈的信號：世界通行的藥品分類管理模式即將在中國推行，在藥品分類管理、分類銷售過程中，必須有執業藥師保證藥品質量和藥學服務質量。至此，執業藥師數量增長的需求拉動力真正產生。
此時，執業藥師數量增長進一步加快。
2000年1月1日，開始施行的《處方藥與非處方藥流通管理暫行規定》將執業藥師作為藥店銷售處方藥和甲類非處方藥的重要條件之一，並進一步規定了執業藥師在零售處方藥和甲類非處方藥業務中的職責。此後的《藥品經營質量管理規範》及其實施細則等規章、制度也都對藥品經營企業提出了配備執業藥師的要求。至此，執業藥師數量增長的需求拉動力進一步加大。
此時，執業藥師數量增長又進一步加快。
2001年8月，制訂實施的《國家執業藥師資格制度2001－2005年工作規劃》進一步明確了藥品生產、經營、使用領域執業藥師配備要求，提出了加速壯大執業藥師隊伍的措施。因此，執業藥師數量增長的需求拉動力又進一步加大。
此時，執業藥師數量增長仍保持較高的速度。
2002年9月15日，開始施行的《中華人民共和國藥品管理法實施條例》將配備執業藥師作為藥品零售企業銷售處方藥和甲類非處方藥的必要條件之一。執業藥師的作用和地位第一次在法規中得到承認。執業藥師數量增長的需求拉動力更進一步加大。
同時，2001年7月出台的在2002年度對符合條件的藥學技術人員實行一次性單科考試的政策受到醫療衛生領域廣大藥學技術人員熱烈歡迎和高度讚揚，大大調動了廣大藥學技術人員參加執業藥師資格認證的積極性。
此時，執業藥師數量出現了一個大幅度的增長。
2003年2月，執業藥師法列入國務院和全國人大立法計畫，預計在2005年頒布施行。10月，國家食品藥品監督管理局起草並上報了《中華人民共和國執業藥師法》草案。草案剛性規定了必須由執業藥師執行的藥學服務業務，同時，提出了在此法頒布前在嚴格條件的前提下認定一批執業藥師的立法思路。
執業藥師法尚未出台，其“利多”訊息就已經對執業藥師數量增長產生了很大的影響。根據2003年參考執業藥師人數預測，2003年將有3萬人獲得執業藥師資格。
2003年和2004年，執業藥師數量增長仍保持較高的速度。