稅務機關一般從以下幾方面來開展增值稅的嵇查工作，企業也可以從這些方面來查看在增值稅的處理方面是否符合有關的規定。
1、賬戶設定、銷項、進項、應納稅額的核算是否符合要求：
（1）一般納稅人應在“應交稅金——應交增值稅”明細科目下還要設定以下專欄：
借方：a 進項稅b 已交稅金c 轉出未交增值稅d 減免稅款
貸方：a銷項稅b出口退稅c 進項稅額轉出d 出口抵減內銷產品應納稅額e 轉出多交增值稅
（2）企業還需增設“應交稅金——未交增值稅”，通過此明細科目來反映企業未交或多交的增值稅（借方余為多交數，貸方余為未交數）。這樣一來，可以使得 “應交稅金——應交增值稅”科目若有餘額，必定只可能是借方餘額，且反映的是企業未抵扣的進項稅，而不再含有企業多交的增值稅，這樣避免了區分借方餘額是未抵扣數還是企業多交稅金的因難，也可避免有可能出現的重複抵扣的問題。
（3）一般納稅人期末有未交或多交的增值稅應如何處理（這個問題想來大家也都已經很清楚的了，就原諒我再老生常談一次吧。：）
期末有未交的：借：應交稅金——應交增值稅——轉出未交增值稅
貸：應交稅金——未交增值稅
期末有多交的：借：應交稅金——未交增值稅
貸：應交稅金——應交增值稅——轉出多交增值稅
2、稅率的適用是否正確。
增值稅的稅率有三檔：0，13%，17%
二檔徵收率：4%，6%
對於這些大家一定也很清楚的。另外要提一提的是兩個特殊的抵和率：
（1）外購貨物（固資除外）或銷售貨物所取得的運輸發票中註明的運費及建設基金可以按7%的扣除率來計算進項稅，準予扣除。（但裝卸費、保險費等不能抵扣；納稅人購買或銷售免稅貨物所發生的運費也不得計算進項稅額抵扣），扣除7%後剩餘93%部分就記入購進成本或銷售成本之中。（此處所說的發票當然也是指符合稅務機關有關可以用於抵扣的要求的專用發票呀！下同，我就不再囉唆了）
（2）購進免稅農業產品，可以按10%計算進項稅額抵扣。
具體計算是：
從一般納稅人處取得發票的：直接以買價×10%的扣除率=進項稅。
從小規模納稅人處取得發票的：可以按不含稅買價×10%計算其進項稅。（若是小規模的請稅務機關代開的專用增值稅發票，則按發票上註明的進項稅進行抵扣）
此處所說的免稅農業產品僅指生產者銷售自己直接從事植物的種植、收割和動物的飼養，捕撈並未經加工的初級產品。
（3）此外購進廢舊物資，若取得合規定要求的發票的，也可按10%計算進項稅進行抵扣。
3．銷售行為已發生是否及時確認收入並計提銷項稅
稅法規定的確認納稅義務發生時間的規定，與企業會計準則和分行業會計制度收入的確認基本一致。一般在會計準則和相關稅法中都可查到，此外不再討論了。
4．價外費用是否計入收入一併計提銷項稅。
增值稅應稅銷售額應為納稅人銷售貨物或提供應稅勞務從購買方收取的全部價款和外價費用。價外費用是指價外向購買方收取的手續費、補貼、返還利潤、違約金、延期付款利息、包裝費、運輸裝卸費、代墊款等。
此處需注意的是運費若符合以下兩個條件則銷貨方可不將其計入價外費用：
(1) 由承運部門提供的發票是直接開給購貨方的(即發票抬頭是購貨方)。
(2) 銷貨方需將此發票轉交給購貨方。