就合成藥而言，其劑量、劑型與製劑等藥物因素，年齡、性別、遺傳條件等生理因素，肝、腎功能障礙等病理因素，以及營養狀況、生活環境等，對藥物的作用，都會產生顯著影響。中藥亦如此。
（1）藥物因素
中藥的品種、產地、採藥季節、貯藏條件及劑量、劑型、給藥途徑等，均對中藥作用的發揮有著顯著的影響
1）中藥基原（原植物、動物和礦物）的影響
中藥材絕大多數是中國自產的，少數為移植或進口的。在品種上，歷代本草著作中屢有增加。不少本草書指出了歷史上中藥品種的混亂情況。故現在對其進行認真的考證、分析、鑑定的工作，是十分重要的。例如，目前全國用的貫眾、獨活、厚朴等中藥，就來源於20多種不同種屬植物；同一中藥大青葉，各地用的藥材又有不同，有蓼科蓼蘭、十字花科松蘭、爵床科馬蘭、馬鞭草科大青等，藥用部分也有用葉及帶葉莖枝的不同。而且，同名異物的現象也很普遍。由於品種不清，其化學成分的含量和藥理作用均有差異。
2）中藥產地及採集季節的影響
a．中藥產地：藥材產地對藥物質量和療效有著直接關係，為歷代醫家所重視，自古即有“道地藥材”的講法。中藥之中大部分為植物藥，自然生長環境具有一定的區域性，各地區的土壤、水質、氣候、雨量等自然條件都能影響藥用植物生長、開花、結果等一系列生態過程，特別是土壤成分更能影響中藥內在成分的質和量。《神農本草經》記載的記載的“采造時月、生熟、土地所出、真偽、陳新，並各有法”和《新修本草》說的：“離其本土，則質同而效異；乖於採摘，乃物是而實非”。都很強調產地。產地不同，同一植物所含有效成分不完全相同，從而使藥理作用有別，臨床療效不穩定。如長白山的野山參，東北各省與朝鮮、日本的園參，不但含人參總皂甙的量不同，而不同皂甙單體的含量也不一樣。又如人參莖葉中皂甙含量在吉林省七個產地所得樣品，含量差別相當懸殊。不同產地及不同加工方法，以人參提取物的得量也不同。
b．採收季節：不同植物的根莖、葉、花、果、種子或全草都有一定的生長和成熟期，故採藥時間的採收方式則隨著中藥的品種和入藥部位而有不同。中國幅員遼闊，從寒帶至亞熱帶，氣候差異很大，故採藥時間按照當地習慣因地制宜，但要選擇藥用植物有交效萬分含量最高時採收。有效成分的含量隨不同生長季節及不同入藥部位而異，如人參中皂甙以八月後含量最高，麻黃中生物鹼秋季含量最高，槐花在花蕾時蘆丁含量最高，青蒿中青蒿素的含量以七月中至八月中花蕾出現前為高峰，應在開花前採收，薄荷在部分植株開始有花蕾時，揮髮油含量大。古人採藥全憑經驗，《本草經集注》序錄說：“凡採藥時月……
其根物以二月、八月采者，謂春初津液始萌，未沖枝葉，勢力淳濃故也；至秋枝葉乾枯，津液歸流於下…… ”《本草蒙筌》說：“實已熟，味純；葉采新，力倍。”以臭梧桐的降血壓作用為例，在五月開花前採摘的葉，對動物的降壓作用強，開花後所採集的葉，降壓作用減弱。再以人參為例，季節變化對園參根中皂甙和糖分含量有顯著影響，故採收應在6～9月，而不應在冬季。
c． 藥用部位的影響
不同的藥用部位所含化學成分的質和量都可能不同，所以其藥理作用也不同。曾有人比較研究了各地所產白參、紅參的不同部位的人參皂甙含量，發現有較大差異。又如麻黃生物鹼的含量，以麻黃莖的髓部含量最高，麻黃節中含量較少，而根中則不含生物鹼。
d．貯藏條件的影響
《本草蒙筌》說：“凡藥貯藏，宜常提防，倘陰乾曝乾烘乾未盡去濕，則蛀蝕霉垢朽爛，不免為殃。”貯藏不當，要霉爛變質、走油、蟲蛀，會直接影響藥理作用和醫療質量。所以要選擇適宜的堆放場所，加強倉庫管理工作，注意特殊藥材的保管（如貴重藥材、芳香性及膠類藥材等），還要定期檢查，防治蟲害。貯藏不當，也可使含揮髮油的藥材氧化、分解或自然揮發（如樟腦、冰片、麝香）而使藥效降低。有的成分會因存放時間長，而被酶所分解等。
e．炮製的影響：
炮製前後，藥材的成分質和量會有所變化，藥理作用和臨床療效可因之不同。《本草蒙筌》曾從臨床經驗指出：“酒制升提；姜制發散；入鹽走腎而軟堅；用醋注肝而住痛；乳制潤枯生血；蜜制甘緩益元……。”
中藥炮製從以下一些方面影響藥理作用：
①減毒，去毒。如半夏“生令人吐，熟令人下。”生半夏對胃黏膜有強大的刺激作用，故致嘔吐；姜半夏卻顯示鎮吐作用。據研究從生半夏的95%乙醇浸膏中分離出含有2分子右鏇葡萄糖和苯甲醛而成的甙，其甙元有強烈刺激性；制半夏鎮吐成分據稱為葡糖醛酸的衍生物及一種水溶性甙，沒有刺激性。烏頭中含烏頭鹼，為對心臟的有毒成分，可致心肌纖維性顫動，經過浸漂、煎煮而使烏頭鹼分解破壞，故毒性降低，但烏頭中的強心成分消鏇去甲烏藥鹼耐熱，故仍可保留其強心成分。
②增效，如杜仲含大量杜仲膠，生杜仲煎出的有效成分甚少；炮製後則膠質破壞，故炒杜仲煎劑降低血壓較生者為強。又如延胡索的有效成分為生物鹼，水煎液溶出量甚少，醋炒後煎劑中溶出的總生物鹼含量增加，故鎮痛作用加強。