一、人為的分類
植物分類學是植物科學中產生最早和最基本的科學。自從人類有了利用植物的活動，也就有了植物分類知識的萌芽。任何科學的發展都受到當時社會生產力的水平、科學技術的發展水平，以及當時社會的倫理道德觀念等各方面的影響和制約。回顧植物分類學的發展史，可以大體上把植物分類分成林奈以前(約公元前300一公元1753)和林奈以後(從1753年到現在)兩個大的時期。林奈以前的時期由於生產力水平很低，科學技術水平也低，而且受到“神創論”、“不變論”的思想統治，這一時期的植物分類和分類方法基本上為人為的方法(artificial)，其基本特徵是根據植物的用途，或僅根據植物的一個或幾個明顯的形態特徵進行分類，而不考慮植物種類彼此間的親緣關係和在系統發育中的地位。如古希臘的亞里士多德(Aristotle，公元前384一公元前322)將植物分為喬木、灌木和草本三大類，中國晉朝的嵇含(公元304)撰寫的《南方草木狀》為我國的第一部地方志，明代李時珍(1518—1593)所著《本草綱目》將所收集的1000餘種植物分為草、谷、菜、果、木5部和山草、芳草等30類，清代吳其濬在《植物名實圖考》中也將植物分為谷、蔬、山草、隰草、石草、水草、蔓草、芳草、毒草、群芳、果、木12類。代表這一時期分類思想頂峰的為瑞典的林奈，他選擇了植物的生殖器官如雌蕊和雄蕊的數目和形態為特徵，即依據雄蕊的特徵作為綱的分類標準;依據雌蕊的特徵作為目的分類標準;依據果實的特徵作為屬的分類標準;依據葉子的特徵作為種的分類標準。應該肯定，上述的分類方法雖然是人為的，但對人類的生產和生活等實際套用都起了重要作用，並為科學的分類積累了豐富的資料和經驗。但是這些方法仍然是不夠科學的，其結果可能會給植物分類帶來混亂，不符合植物界的自然發生和發展，不能反映植物間的親緣關係。
二、自然的分類
植物分類發展的第二個時期，即林奈以後的時期，這個時期的最大變化是逐步由人為的分類方法發展到自然的(natural)分類方法。所謂自然的分類方法就是最接近進化理論，最能反映植物親緣關係和系統發育的方法。這種分類方法是從形態學、解剖學、細胞學、遺傳學、生物化學、生態學、古生物學等綜合學科進行分類，特別依據最能反映親緣關係和系統演化的主要性狀進行分類。自然分類方法的發展是和達爾文的進化理論分不開的。1859年達爾文根據他親身的考察和仔細的分析所獲得的各種證據，總結了在他之前的一些學者有關生物進化的觀點，創立了進化學說，發表了《物種起源》一書，有力地衝擊了“神創論”和“不變論”。分類學開始從對種本身的描述，轉到了重點描述能反映遺傳進化關係的特徵，並探討建立植物界符合自然發展的進化譜系。林奈以後已有許多學者提出了有顯著進步的分類方法，其中具有代表性的有柏納(Bernard)與裕蘇(Antoine Laurent de Jussieu)的分類法，邊沁(Bentham)與虎克(Hooker)的《植物志屬》(genera plantarum)，其方法後來為恩格勒(Engler)與柏蘭特(Prant)採用於《植物自然分科志》(naturalichenpflanzenfamilien)內。現代被子植物的主要分類系統有恩格勒(Engler)分類系統(1897)、哈欽松(J.Hutchinson)系統(1926)、塔赫他間(A.Takhtajan)系統(1942)和克朗奎斯特(Cronquist)系統(1958)。我國著名分類學家胡先輔也曾於1950年提出了一個被子植物的多元系統。這些系統雖然還只是個初步的，距離建立起一個較完備的自然進化系統相差很遠，而且這些系統間還很多相反的理論和觀點，但它們比起人為的分類系統顯然是一個質的飛躍。由於植物界經歷了幾十億年的發生髮展史，許多種類已經絕滅，因此探討一個符合自然發展的分類系統是非常困難的，這是一項長期的多學科的共同任務。(周雲龍主編，《植物生物學》，高等教育出版社，2004)