1、體制及人員問題：在編人員少，任務重，工作量大，還需要進一步在實踐中鍛鍊隊伍。
2、執法經費、設施不足、執法手段還有待增強：種子站組建時間短，體系不暢，尚有很多空白，無法很好適應當前工作的需要。執法公信力較差，市場複雜，農業執法力度不強，人員安全缺乏保障。
3、種子檢驗：種子的質量管理是一項重要任務。為把後置管理變成前置管理，把問題解決在發生之前，以保證農業生產的安全，需要建立一支現代化的檢驗檢測隊伍。
4、品種管理工作：種子管理站新品種試驗基地已經投入使用，在實際運行中有不少現實問題，需要上級部門在資金和技術上給予支撐和幫助。
5、行政許可制度，有待進一步完善。除依法領證的種子企業以外，市場準入無限制；委託經營或經營代銷種子無條件限制。實際操作中，委託經營實行備案沒有法律依據。我們只能主動與工商配合要求先取得委託手續備案，再辦照。但取得營業執照後就無法制約，無法摸清底數。
6、種子經營上的問題。首先是經營渠道多。目前種子經營呈現出了多渠道競爭的局面，加速了種子的快速流通，但同時給管理工作帶來了一定的困難。其次是經營人員雜。多數經營者沒有經過專門的培訓，種子方面基礎知識欠缺。種子包裝標識通過近幾年的工作，有了極大的改進，仍存在問題，標識不全，亂標生產許可證，進口種子無進口證號等現象時有發生。另外，北京周邊地區管理鬆散，也對本區產生影響。經營散裝種子或拆包裝銷售的現象也經常存在，有待進一步加強管理。
2009年工作計畫
1、認真抓好黨建和思想政治工作
2009年我們將以新的精神、新的姿態、新的工作作風，求真務實、開拓進取，結合中心實際，進一步加強黨員民眾思想政治工作，努力抓好黨建和精神文明建設，促進種業中心各項工作的開展。
2、繼續學習、宣傳《種子法》和《北京市實施中華人民共和國種子法辦法》，提高自身素質。
3、做好試驗示範工作，加大新品種引進力度。重點搞好《農作物品種試驗基地》、建設和優新品種引及試驗示範乾工作。培育優新品種，促進我區農作物品種更新換代。
4、認真落實《種子法》，進一步規範種子市場秩序。加強市場管理，維護法律尊嚴。嚴格種子質量檢查，確保農民用上合格的放心種子.
5、貫徹執行國家《行政處罰法》、《行政許可法》和區農委制定的《農業行政人員行為規範》。
6、加大對種子經營企業的扶植與服務。
2009年種子管理站年終總結
2009年是全面貫徹落實黨的十七大精神的第一年，是北京奧運會舉辦之年，是改革開放30周年，是實施“十一五”規劃承上啟下的一年，2009年種子管理站在種植業服務中心的正確領導下，以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，認真學習貫徹黨的十七大重要精神，深入落實科學發展觀，緊緊圍繞為“平安奧運”做好服務，很好的完成了年初制定的工作計畫，現簡要總結匯報如下。
一、加強黨建和思想政治工作，促進各項工作的開展
一年來種子管理站黨支部深入學習貫徹黨的十七大會議精神，全面貫徹落實胡錦濤總書記在中央紀委七屆一次會議講話精神、貫徹市、區黨廉政建設工作會議精神，緊緊圍繞區委、區政府貫徹落實《實施綱要》工作方案的要求，狠抓黨風廉政建設責任制的落實，同時按照“標本兼治、綜合治理、懲防並舉、注重預防”的方針，推進懲防體系建設，取得了一定成效。
二、穩步完善各項制度，深入貫徹落實黨風廉政建設責任制
1、緊緊圍繞奧運會的成功舉辦，進一步嚴明紀律
在2009年北京奧運會即將召開的關鍵時刻，我們按照區紀委、安監局和中心的工作安排，認真落實“一把手”負責制度和崗位責任制,明晰工作職責，制定了突發事件應急預案，明確一把手作為第一責任人對安全穩定負總責，針對有可能發生的事件制定了切實可行的的具體措施。重點加強對平安保奧運、安全生產責任落實、環境綜合整治等工作部署執行情況的監督檢查，加強 “五無目標”落實情況的監督檢查。
2、制度逐步健全，分工細化合理
我們制定和完善了本單位的黨風廉政建設責任制和黨風廉政建設責任制實施辦法，層層簽訂責任書，把黨風廉政建設和反腐敗工作主要任務責任到部門、責任到人，確保了各項任務做到有人過問、有人主管、有人落實。
3、領導幹部以身作則，責任主體意識強化
站黨支部成立後，支部成員針對工作分工和自身實際撰寫了廉潔承諾書，向黨委表達了廉潔從政的決心。同時支部“一把手”按照“一崗雙責”的要求，認真抓好職責範圍的黨風廉政建設和反腐敗工作，切實做到了“五個親自”。為深入落實黨風廉政建設和反腐敗工作起到了有力的促進作用。
4、加強溝通、深入民眾，堅持“三談兩述”
黨支部積極開展“三談兩述”，做到深入民眾、及時溝通。一把手與三名同志溝通，進行談話，了解職工思想狀態；二名副職各自與兩名職工進行了警示談話。“三談兩述”制度的實施，使領導幹部不斷增強廉潔自律意識，築牢思想道德和法紀防線，樹立社會主義榮辱觀，執政為民。