2、土地流轉不夠規範。大多數鄉、村、組農戶流轉承包土地只履行口頭協定，未簽訂書面流轉契約，缺乏規範管理，埋下農村土地承包糾紛隱患。
3、土地承包檔案保管不夠規範。有的鄉鎮由於電腦通用，基礎資料庫安全性差，甚至由於人事變動丟失軟體安裝光碟等；大多數村農村土地承包檔案保管不規範、不完整，有待進一步清理整頓。
4、部分村幹部工作上有著牴觸情緒。有的村幹部對落實農村土地承包政策存有牴觸情緒，工作開展欠積極主動，協調配合不到位。
5、土地承包管理工作經費缺乏保障。目前農村土地承包管理工作經費還未列入各級財政預算，經費沒有保障，開展工作缺乏活力，難以開創工作新局面。
（二）農民負擔監督管理方面
1、少數農村基層領導、基層幹部開始放鬆對減負工作重要性的認識，已經出現麻痹鬆懈思想。這些思想的存在，不利於減負惠農政策的貫徹落實，很有可能因工作上的鬆弛出現農民負擔反彈的苗頭。
2、減負工作的組織協調、調查摸底和信訪案件的查處難度加大。具體表現在以下幾個方面：一是農民負擔實質上的減輕，有很大一部分人認為減負辦不再那么重要；二是農民負擔監督管理領導小組成員單位多，減負工作牽涉的部門又廣，如果從部門利益的角度出發，確實難以協調平衡好相互間的關係；三是減負辦查處問題受單位性質的制約，缺乏強有力的後盾保障，措施不硬，難以奏效。
3、對農民建房收取的一些費用可能與中央、省、市減負政策規定相違背。主要體現在以下兩個方面：一是鄉（鎮）規劃所對圩鎮規劃區建房戶收取規劃費、公共設施費、環衛費、規劃押金等，用於規劃及公共設施配套建設方面；二是鄉（鎮）國土所對公路沿線規劃區內建房戶收取新建、拆建費用。
4、一些農村中國小校組織對學生統一收取平安保險費、城鎮醫療保險費、補課費等。
5、個別村組在修橋鋪路時不按照預算→籌資（組織捐資）→施工→驗收→結算的正常程式進行，而是邊施工邊組織捐資或者先施工後組織捐資，由此可能導致因修橋鋪路款項籌集不足而拖欠部分工程款，成為影響農村社會穩定的安全隱患。
（三）農民專業合作社建設方面
1、缺乏高素質的農民專業合作社管理人才，導致合作社內部運作不夠規範，表現為：一是組織機構不很健全，各自作用發揮不充分；二是管理制度不很完善，可操作性不強；三是決策不很民主，會員很少參與管理；四是風險防範意識不很強，會員只圖利益不願擔風險；五是農戶合作的甜頭尚小，參與合作意向不強。
2、一些農民專業合作社由鄉鎮政府牽頭創辦，章程、規章制度都是鄉鎮政府部門制訂，沒有農民民眾的積極參與，合作社很難真正運作起來。
（四）農村財務管理方面
1、財務收支預決算制度執行不到位，支出隨意性較大，缺乏控制與監督。
2、白條列支現象嚴重，占支出票據的95％以上，不利於實施有效的財務監督。
3、有的村財務收支入賬不及時，經手、證明、驗收、審批手續不全，民主理財監督不到位。甚至存在個別村主要領導直接插手管理現金，嚴重違反財經制度。
4、有的村會議費、招待費超標準超範圍開支，金額較大，缺乏監督約束。