關於這些佛舍利的來歷，據記載:隋文帝曾從一印度僧人處得到佛舍利，並於仁壽元年(601年)、仁壽二年(602年)、仁壽四年(604年)三次向全國各州頒發佛舍利，地處幽州的弘業寺和智泉寺皆有幸得到。而這兩寺都距雲居寺不很遠。同時，雲居寺創始人靜碗法師原本是智泉寺僧人，是佛教天台宗慧思弟子，所似很可能當時皇帝也賜給了雲居寺佛舍利。《憨山大師夢遊集》和《帝京景物略》中曾記載明萬曆二十年在雲居寺石經山雷音洞發現了三粒佛舍利。當時萬曆皇帝的母親篤信佛教，於是迎入宮中供養三曰後又安放在雷音洞內，但是記載中的三粒佛舍利，現存只有兩粒，據專家推斷，其中一粒可能在明代萬曆皇帝母親迎人宮內供養時不慎遺失或是被私自留下。目前這兩粒佛舍利及相關文物被中國佛教協會保管，一俟雲居寺修復後，將送回雲居寺內安置，供各界人士瞻禮。
雲居寺周圍現存唐遼石塔及遼代磚塔共六座，互相拱衛，從而形成雲居寺特殊的佛教人文景觀。其中唐代(618-907年)所建方形石塔，以著名的房山石窟漢白玉為原料，精雕而成。塔分單層和密檐式兩種，平面呈方形，正面辟尖拱形門，內兩側刻披甲冑金剛武士，生動逼真。其中唐開元十五年(727年)建的石塔內兩壁所刻渾目高鼻供養人形象，反映出盛唐時期民族團結的繁榮景象。這批石塔是北京地區現存最早古塔，成為研究唐代幽州地區文化史和佛教史的珍貴實物資料。1949年後，人民政府對雲居寺所藏石經進行了發掘和整理。到現在還完好保存的石經就有14 278塊，分別藏在對面石經山上的9個洞內和雲居寺文物保管所里。1961年3月，國務院將雲居寺遺址、兩座遼塔、八座唐塔、藏經洞和石經，列為全國重點保護文物，並為保護這些珍貴的文物，先後對遼代北塔進行了加固維修，安裝了避雷設施，為保護石經板蓋了石經庫，以使這些上千年的古代珍貴文物代代相傳。北京市人民政府於1935年4月1曰決定修復雲居寺。第一期工程，天王殿、毗盧殿已竣工開放。原雲居寺千年遺物——漢白玉鐫刻的圓形山門雄姿也已復原。為更好地保護石經，避免風化剝蝕，現已決定於1999年9月9曰9目9時9分9秒，將全部石經全部重新秘封於地下。石經藏而天下安，這項舉措必成這佛教史上的一件大事。
雲居寺因珍藏著15000餘塊石刻佛教大藏經被譽為"北京的敦煌"。在雲居寺周圍兩平方公里的範圍內，內雲居寺，石經山藏經洞，唐、遼塔群構成了我國古代佛教文化一大寶 庫。房山雲居寺石刻佛教大藏經始刻於隋大業年間，歷經唐、遼、金、元、明六個朝代千餘年，刻經1122部，3572卷，刻石14278塊，分藏於石經山九個藏經洞和雲居寺地穴 之中。現又將木雕《龍藏經》7.7萬多塊，明代經2萬多卷運藏於寺。石經、紙經、木板經過這三種經本已稱為世界"三絕"。 陳列展覽有"石經展覽"。
雲居寺有五大院落六進殿宇，東接上方山，西俯拒馬河，占地7萬多平方米，兩側有配殿和帝王行宮、僧房，並有南北兩塔對峙，歷史悠久，飽經滄桑。解放後，雲居寺經過兩次大規模修復重現莊嚴。雲居寺古時亦有"碑海塔林"之稱，現存碑20餘塊、塔10餘座，是其寶貴的文化遺產。
石經山在雲居寺東二里處，俗稱小西天。海拔450米。這裡不僅是房山石經刊刻起源之處，也是佛祖舍利出土之處，4196塊隋唐石經為國之重寶，以雷音洞、金仙公主塔為代表的眾多歷史遺蹟，具有極高的價值。
據考，石經始刻於隋大業十二年（公元605年），僧人靜琬為維護正法，鐫刻經於石。刻經事業歷經隋、唐、遼、金、元、明六個朝代，綿延1039年，刻佛經1122部，3572卷，14278塊，分藏於石經山9個藏經洞和雲居寺地穴之中，規模之大，歷時之長，是世界文化史上罕見的壯舉，堪與聞名寰宇的萬里長城、京杭大運河相媲美，是世上稀有而珍貴的文化遺產。