對此，《條例》第九條及其《細則》第十四條已作明確規定，即在納稅人提供的轉讓價格和扣除項目不實的情況下，應由法定的房地產評估機構進行評估，稅務機關根據評估價格確定房地產轉讓收入和扣除項目金額。雖然按評估價格計算土地增值稅，評估出來的數據和實際數據會有些差異，但在儘可能的情況下使核定的稅收接近實際應納稅款，是符合稅收合理性要求的。同時由於通過評估得出來的是收入和扣除項目，由此計算出增值額，仍可按超率累進稅率計算徵收，土地增值稅的調節功能仍然起作用。
三是完善對房地產企業土地增值稅的管理制度。稅務機關應嚴格執行土地增值稅的預征和清算的規定，並要求房地產企業必須按期向主管稅務機關報送與房地產開發項目有關的財務會計報表及有關憑證等資料。主管稅務機關要加強對房地產開發企業的跟蹤管理和過程控制，如應分戶設立房地產企業管理台賬，建立地區房地產行業相關指標資料庫，以便於對土地增值稅納稅情況進行評估。同時，主管稅務機關要加強與房地產相關管理部門的協調配合，及時掌握相關信息。對於預征土地增值稅的，要按照有關規定彙算清繳。