5、部門與部門失衡，致使牽頭乏力。基層食品藥品監管部門的保健食品監管工作，按照“三句話”職能要求，其主要內容是對各職能部門的保健食品監管工作進行綜合監督和組織協調各職能部門有關保健食品監管工作。目前，無任是在機構設定、工作職能、單位資歷，還基礎設施、經費投入、人員數量等諸多方面，作為保健食品監管牽頭部門的食品藥品監督管理局與衛生、工商、質監等各保健食品監管職能部門相比，食品藥品監督管理部門顯然是級別低、職能虛、資歷淺、基礎弱、投入少、隊伍小，牽頭部門與監管職能部門之間基礎條件明顯失衡，必然制約牽頭工作的開展。
二、對策思考
針對目前保健食品市場存在的問題以及產生的原因，我們可以找到解決問題的辦法。
1、完善相關法律法規。
如前所述，目前用於規範保健食品生產、銷售的法律法規有《保健食品註冊管理辦法》（XX年7月1日施行）、《保健食品管理辦法》（1996年6月1日實施）、《食品衛生法》（1995年10月30日施行）。這些法規是在不同的時期制定的，相互之間有矛盾和不一致的地方。
根據現有法律的規定，保健食品的違法行為由衛生部門查處。但目前出現的新動向已經使法律嚴重滯後。比如，《食品衛生法》第四十五條規定對食品說明書內容虛假的，按第四十九條由縣以上衛生行政部門查處，但在說明書中添加只有藥品才具有的適應症和功能主治，超出審批範圍的，就不一定適用該法。根據後法優於前法的原則，也可以按XX年12月1日頒布實施的《藥品管理法》由藥監部門處罰。藥監部門處罰時往往依據《藥品管理法》第一百零二條、第四十八條第二款第二項或第三款第二項。但第四十八條第二款第二項指的是“以非藥品冒充藥品”，其中哪些情形屬於“冒充”呢？而且更重要的是處罰依據的第七十八條規定必須載明藥檢機構的質量檢驗結果，但藥檢機構卻無檢驗食品的法律依據，也沒有檢驗標準。所以，很多情況下，部分地區藥監部門繞開此條，依據第四十八條第三款第二項來查處，但適用該條的前提條件又必須是藥品。
再比如，對保健食品在宣傳中涉及藥品的處理，可依據《廣告法》、《保健食品廣告審查暫行規定》來管理。《藥品管理法》第六十一條第三款和《藥品管理法實施條例》四十三條對此也作出規定，但因為沒有法律責任的規定，藥監部門卻難以處罰。
所以，必須結合我縣實際情況，適應當前的市場狀況，採取必要的手段和措施，嚴厲打擊這些違法行為。
2、加強相關各部門的協作。
在國家目前暫不能理順監管體制大環境下，結合實際，加強保健食品的監管顯得尤為重要。除了上面提到的衛生、藥監，還涉及到工商、質監、公安、廣電等部門。管理的部門越多，鏈條越長，就越有可能在工作中產生推諉、扯皮、相互踢皮球等現象。解決問題的根本辦法就是要加強各部門的協調，建立行之有效的協作機制，突破條塊分割的藩籬。目前，國家已經在布置，在藥監部門設立了食品安全協調委員會。但從實踐來看，光有協調機構是不夠的。更重要的是，要建立合理完善高效的長效工作機制，使對保健食品日常監管工作經常化、制度化。也可以採取在打擊違法過程中政府牽頭，各部門聯合發文，明確各自的分工和任務，開展專項治理等等。