長期以來，農村義務教育主要以農民投入為主。尤其是農村稅費改革以前，農村義務教育事實上主要由農民承擔。稅費改革後，農村基礎教育的經費來源基本是以鄉鎮財政撥款為主，輔之以農村教育費附加以及收取學雜費、教育集資等。鄉級財政在農村義務教育中承擔了全部責任。農民的“合理”負擔成為農村義務教育的重要支柱。農村稅費改革之後，在農民減負的同時，教育也大幅度減收，一些地方農村義務教育財政狀況供需矛盾更加突出。
由於經費不足，農村中國小的教學設施十分落後，一些中國小的基本辦學條件得不到保障。XX年，我國農村地區危房比例仍然較高，全國國小和國中共有4542.3萬平方米的d級危房。此外，每年新增危房約1750萬平方米，因自然災害受損的校舍約200萬平方米，國小和國中校舍危房率分別為5.6％和3.7％。雖然XX年，國家實行了九年義務教育新的保障機制，許多學校新修了教學樓、辦公樓、學生宿舍，但在教學儀器、實驗設備、圖書資料、現代化的教學手段等方面，農村中國小與城市相比都有很大差距，其教育信息化和教育技術水平更低，從而最終導致農村學生流失。
(二)師資力量嚴重不足，教師教學水平低，教學質量堪憂
教師隊伍的建設，在整個教育環節中至關重要。師資力量的好壞，直接關係到學校的教育質量。調查發現，農村教師隊伍的現狀不盡如人意。
1、師資力量匱乏，農村師資“缺血”
由於農村教師待遇低，生活條件差，拖欠教師工資的現象嚴重，很多人不願到農村任教。一些剛畢業的大學生，寧願在家待崗，也不願當鄉村教師。同時，家裡有門路的、教學水平稍高的教師也想辦法擠入城市。再加上這幾年城市學校擴招，一些學校的師資力量不足，也開始從農村招聘教師。隨著進城教師的擇優錄取，越來越多的優秀教師流向了城市。由於師資的流失，貧困農村的中國小校里一個教師跨年級、包班上課的現象司空見慣。在農村許多學校，、機、、、美術等方面的教師嚴重缺乏，無法適應新課改後的需求。另外，造成農村教育師資力量不足的一個重要因素就是教師的單向流動，即優秀教師只具有向上的流動性。如果村裡的老師教得好，則入編進入鎮裡的學校，鎮裡的老師如果教得好，則進入縣城裡的學校。依此類推。這種帶有剛性的評選機制導致農村基礎教育系統只能得到較差的師資來源。農村師資原本“先天”不足，無奈又遭流失之痛，農村師資嚴重“缺血”。
2、教師素質參差不齊，教師專業化程度偏低
農村中國小教師學歷普遍偏低，學歷達標與能力達標存在較大落差，教師素質參差不齊。以湖南省為例，農村國小專任教師中本科以上學歷占的比例不到城鎮的20％，國中也只相當於城鎮的一半，如衡陽市農村學校教師第一學歷合格率為22.7％。儘管通過大規模的學歷補償教育和在職培訓，農村教師學歷達標率得到極大提高，但教師素質仍然不能滿足義務教育快速發展的需要。農村一些學校的大部分教師是本鎮(縣)未考上大學的高中畢業生，甚至一些國中畢業生也當起了教師，很多貧困縣還有一部分教師國小畢業。另外，相當一部分農村教師教育觀念陳舊，知識老化，教學方法落後，難以適應教育改革發展的需要。尤其是在信息化迅速發展的今天，他們無法趕上時代前進的步伐，使得農村中國小教師隊伍形成不了梯隊，專業化程度不高。教師的低素質直接影響、限制了學生素質的提高。由於教學質量不高，農村一些學校的生源逐漸流失。在一些地區，“村國小到中心國小，中心國小到縣城國小，優生不斷流向縣城”已成了趨勢。長此以往，學校將陷入一種惡性循環並將隨著這種惡性循環而趨於萎縮。