雖然農村計畫生育工作的整體水平不斷得到提升，取得了顯著成效，但由於受農村經濟水平的制約和農民落後的婚育觀念的影響，以及在工作措施方面的不到位，農村計畫生育工作仍然存在一些比較突出的問題，難度依然很大。
一是農村計畫生育工作受經費制約的問題突出。自從計畫生育工作提出建立利益導向機制，由處罰多生向獎勵少生轉變以來，有效調動了民眾主動實行計畫生育的積極性。但由於縣鄉財政拮据，在落實經費上困難很大。尤其是計畫生育工作搞的比較好的地方，需要兌現政策的人數越多，落實經費困難更大，負擔更重。
二是流動人口管理難的問題較大。隨著開放程度的不斷提高，農村外出務工人員逐年遞增，勞務輸出已經成為農民增收的重要途徑，為農村經濟發展注入了強大活力。但也給計畫生育工作帶來了新的問題和矛盾，大量計畫外出生主要發生在流動人口上。雖然國家和省上都建立了“流動人口信息管理平台”，流入地對流動人口信息提供到網上，但由於流動人口流動性強，流入地管理不夠完善，流出人口計畫生育管理難的問題一直沒有得到有效解決。
三是村級計畫生育組織作用發揮不好的問題較為突出。由於稅費改革之後，村級計生幹部普遍減少，基本情況是每村有一個計生專職主任，而各村民小組的計生宣傳員基本上由村幹部兼任，只保留了人口較多的村名小組的宣傳員，育齡婦女自管小組長由於報酬低，工作責任靠得不實，開展工作不夠得力。加之村組幹部和廣大農民民眾直接生活在一起，怕得罪人，在提供計畫生育真實信息上主動性不強，造成了鄉村兩級計畫生育工作“兩張皮”的現象。由於村一級計畫生育工作作用沒有得到充分發揮，造成計畫生育工作基礎不夠穩固。
以上這些問題，是當前農村計畫生育工作中存在的共性問題。這些問題的解決，需要基層進一步落實責任，強化措施，積極主動地搞好基礎工作，也需要國家和省市在政策層面給予調控和協調，共同加以解決。
一是要進一步落實工作責任，完善計畫生育工作網路。繼續堅持和完善黨政一把手親自抓、負總責的領導機制，進一步完善以黨委、政府、相關部門、計畫生育系統“三線”考核為主的人口和計畫生育工作目標管理責任制，嚴格執行“一票否決制”，不斷強化計畫生育綜合治理。在此基礎上，著重研究制定靠實村組基層計生幹部責任的制度和措施，建立崗位責任與報酬掛鈎的獎懲制度，建立報酬增長機制，調動村組幹部計畫生育工作的積極性，完善計畫生育工作網路。同時，加強對基層計生工作人員的培訓，提高業務，強化素質，提高其履行計畫生育職責的水平。通過完善網路，靠實責任，提高水平，形成計畫生育經常抓的工作機制，做到底子清，對象明，各項節育措施及時落實，夯實工作基礎。
二是要建立計畫生育工作投入機制。建立利益導向機制是引導農民民眾自覺實行計畫生育，穩定低生育水平，促進農村人口與經濟社會協調發展的一項重要舉措。要使各項優惠政策落到實處，必須建立計畫生育投入機制。主動抓好各項節育措施特別是二女戶結紮的落實。同時，要加強監管，確保優惠政策落實到位，使遵守計畫生育政策的民眾真正得到關懷，得到實惠，帶動廣大民眾轉變婚育觀念，逐步走上自覺實行計畫生育的道路。