然後，諾第留斯號大膽向南極進發，潛艇航行在成群的鯨魚中間。尼德·蘭要求追打鯨魚。尼摩部長不同意傷害這些善良無害的長鬚鯨。當海面上出現殘酷的大頭鯨向長鬚鯨進攻時，尼摩船長決定援救長鬚鯨。諾第留斯號用它那鋼製的沖角，直穿大頭鯨。經過一場惡鬥，海上滿浮著大頭鯨的屍體。穿過南極點後，潛艇又歷經冰山封路、章魚襲擊等險情，都是尼摩船長以驚人的冷靜和毅力，帶領船員戰勝了困難。
最後，潛艇駛過被稱為風暴之王的大西洋暖流，來到了一艘法國愛國戰艦沉沒的地點。尼摩滿懷激情地講述了這艘“復仇號”戰艦的歷史。這引起阿龍納斯的注意，把尼摩船長和他的同伴們關閉在諾第留斯號船殼中，並不是一種普通的憤世情緒，而是一種非常崇高的仇恨。那一夜在印度洋上，它不是攻擊了某些船隻嗎?那個葬在珊瑚墓地的人，不正是諾第留斯號引起的衝突的犧牲者嗎?而在所有的海面上，人們也正在追逐這可怕的毀滅性機器!
當諾第留斯號慢慢回到海面上來時，便有爆炸聲發出：有艘戰艦正向諾第留斯號發動攻擊。尼摩船長決心把它擊沉。阿龍納斯試圖勸阻，但船長說：“我是被壓迫，瞧，那就是壓迫者!由於他，所有一切我熱愛過的，尊敬過的，所有一切我熱愛過的，尊敬過的，祖國、父母、愛人、子女他們全死亡了!所有我仇恨的一切，就在那裡!”船長不願這艘戰艦的殘骸跟“復仇號”的光榮殘骸相混，他把戰艦引向東方。第二天，可怕的打擊開始了!諾第留斯號故意讓敵人接近，再在推進器的強大推動下，用那厲害的沖角對準戰艦浮標線以下的薄弱部位，從它身上橫穿過去!瞬間，戰艦船殼裂開，繼而發生爆炸，迅速下沉。它的桅檣架滿擠著遇難人。然後，那黑沉沉的巨體沒入水中，跟它一起，這群死屍統統被強大無比的漩渦捲走……
阿龍納斯目睹這場慘景，對尼摩船長極端厭惡：“雖然他從別的方面可能受過很大的痛苦，但他沒有權利來做這樣殘酷的報復。”阿龍納斯在船上聽到了尼摩船長的最後幾句話：“全能的上帝!夠了!夠了!”
在挪威沿岸一帶的危險海域中，阿龍納斯和尼德·蘭、康塞爾，乘坐小艇脫離了諾第留斯號，結束了這次穿過太平洋、印度洋、紅海、地中海、南北兩極海洋的海底兩萬里環球旅行。阿龍納斯希望：“如果尼摩船長老是居住在他所選擇的海洋中，但願所有仇恨都在這顆倔強的心中平息!……但願他這個高明的學者繼續做和平的探工作!”