但是，與迅速發展的非公有制經濟相比，非公有制企業黨的建設工作無論是廣度還是深度，都與之遠遠不相適應，還存在一定的問題，主要表現在：
一是非公有制企業黨的建設滯後於非公有制經濟的發展規模和速度，特別是自然人登記註冊的非公有制企業比較突出。全市60xxxx非公有制企業只有1xxxx建立了黨的組織，其中有1xxxx是原國有企業轉製成的私營企業，以自然人登記註冊的非公有制企業僅有xxxx成立黨支部。
二、黨的力量比較薄弱。在非公經濟組織中黨員數量偏少，不少黨組織基本上沒有做黨員的發展工作，加強黨的新生力量的培養、補充新鮮血液，解決後繼乏人的問題十分迫切。
三、黨組織關係不順。主要反映在轉制企業中，有的公有制企業轉制後，出現黨組織無處掛、黨員無人管，在歸誰管的問題上爭議較多，這樣就導致出現了組織活動沒有正常開展，黨員黨費沒有人收繳的情況。
四、黨內組織生活和黨內活動開展的不正常。由於制度建設的滯後、部分非公有制經濟組織黨建得不到業主的重視以及黨組織的角色定位難以把握，黨內組織生活和黨的活動在時間、陣地、經費等方面得不到充分保證，黨組織在實際工作中無所適從，黨內的組織生活和黨內活動不能正常開展。少數成立了黨組織的個體私營企業黨組織，根本沒有開展黨建工作，隨意性很大，完全流於形式。
五、黨員職工的流動性和不穩定性，決定了對黨員的教育管理非常難。非公經濟組織中的下崗黨員、流動黨員和退休黨員流動性和不穩定性很突出，有的下崗失業，有的長期在外打工，有的經商務工、小商小販，有的生活都難以維計，一些同志認為要不要黨員資格，轉不轉黨組織關係，通知開會學習去不去都無所謂了，極個別黨員失去了聯繫，原單位黨組織開展活動、組織學習、收取黨費根本通知不到人。
六、業主有顧慮。部分自然人登記註冊的非公有制企業還是有建立黨組織的想法，因為他們看到，在企業的生產經營中，黨員總是在體現著先鋒模範作用，往往是生產中的骨幹，業務上的尖子，員工們的核心。但是這些非公有制企業主又有擔心，比如，成立了黨組織後，是否企業主的生產決策就要受到黨組織的領導;黨組織成立後，管理體制怎樣理順;企業怎樣處理與黨組織的關係等等。
xx市非公有制經濟組織黨建工作中存在的上述問題，主要有以下幾個方面的原因：
1、思想認識上的誤區，使非公有制經濟組織黨建工作思想基礎脆弱。從不同層次的思維主體來分析，主要有以下五種思想傾向：一是有些上級行業和主管部門黨組織報著無所作為——有“消極觀望”思想傾向。有些同志認為，非公有制經濟組織的經濟成份和性質變了，它自己發展是自己的事，成為真正的自我約束、自我完善、自我發展的法人實體，完全按照市場經濟規律辦事。沒有把非公有制經濟組織黨建工作擺上議事日程，工作普遍無指導、無要求、放任自流。二是黨員的複雜、懈怠心態——“打工僱傭”思想傾向。在非公有制經濟組織里，業主和黨員職工是雙向選擇關係，很多黨員認為自己是臨時的，流動性比較大，飯碗掌握在“老闆”手裡，隨時有“炒魷魚”的可能，因而乾一天是一天，難以把自己的個人目標同非公有制經濟組織黨的整體目標、企業發展目標有機結合在一起，難以行使黨員的權利和承擔黨員的義務，失去了黨員應有的作用。三是非公有制經濟組織黨組織理不直、氣不壯——“配角從屬”思想傾向。部分黨員認為，建立黨組織和開展黨建活動，受制於業主的制約和約束。在非公有制經濟組織里的黨組織，普遍缺少執政黨的意識，對開展黨建工作往往看業主的臉色行事，發揮黨組織自身作用感到信心不足。雖然絕大多數的黨組織得以從原來的國有和集體企業里“移植”了下來，但在開展黨建工作時普遍感到與過去有了反差，黨的活動時間、經費也不再像過去那樣有保證，開展活動越來越理不直、氣不壯，久而久之，黨組織成了企業里的“配角”甚至“點綴”。四是非公制經濟組織的業主對黨組織——“淡漠排斥”思想傾向。部分業主認為，設立黨的組織、開展黨的活動會增加企業的生產經營成本。在一些非公有制經濟組織的業主看來，擔心在非公有制經濟組織建立黨組織以後，開展黨的活動會占用生產經營的時間，增加管理人員，加大營運成本，因而不歡迎黨的組織進入自己的經濟組織。五是價值利益的多元化，使得年青人不願靠攏黨組織——“急功近利”思想傾向。