（三）基層醫療衛生機構業務所必需非基本藥物藥品的問題。實施基本藥物制度後，確需非基本藥物藥品的，按照程式申請，由上級批准後增加。批准增加的藥品按零差率銷售。
（四）基本藥物制度啟動前各基層醫療衛生機構藥庫須進行盤點。以12月29日24時為基準時間，24時前各基層醫療衛生機構藥庫盤點準確，現存藥物屬於基本藥物的，於12月30日零時起，一律按零差率銷售；不屬於基本藥物的，或按零加成銷售，或轉給衛生室使用。
（五）基層醫療衛生機構的債務處理問題。實施國家基本藥物制度之前形成的歷史債務4892萬元，作掛賬處理，每年有盈餘的衛生院或社區衛生服務中心，可利用盈利逐年償還債務。
四、工作要求
（一）統一思想認識。實施國家基本藥物制度是推進醫藥衛生體制改革的重點、難點，對改革醫療機構“以藥養醫”現狀，有效減輕民眾用藥費用負擔，保障民眾用藥安全具有十分重要的意義。各級各部門要高度重視、精心組織、周密安排，把實施國家基本藥物制度作為一件大事來抓。
（二）搞好部門協作。各有關部門要根據縣委、縣政府統一部署，各司其職，共同推進基本藥物制度的落實。財政局負責制定實施國家基本藥物制度的財政補償政策和計畫，落實政府投入；人事局負責基層醫療衛生機構編制核定、人事分配製度改革等工作，會同衛生局推行基層醫療衛生機構以績效工資為主的分配製度和人事制度改革；勞動和社會保障局負責制定城鎮職工、城鎮居民醫療保險基本藥物報銷辦法並監督實施；衛生局負責基層醫療衛生機構基本藥物的配備和組織上報採購及配送信息，對基層醫療衛生機構基本藥物採購、配送和使用情況進行監督檢查，及時掌握基層醫療衛生機構運行狀況，指導基層醫療衛生機構合理用藥，制定新型農村合作醫療基本藥物報銷制度並監督實施；食品藥品監管局負責藥品質量的監督檢查，受理有關藥品質量的投訴、舉報並組織查處，制定零售藥店基本藥物實施制度並監督實施；物價局負責中標藥品價格執行情況的監督檢查；監察局負責各類違規違紀行為的監督查處；醫改辦做好綜合、協調、服務、指導工作，其他有關部門也要認真落實職責，積極搞好工作銜接，確保基本藥物制度的順利實施。
（三）加強財力保障。縣政府多渠道籌措資金，在統籌上級財政有關專項補助後，將資金差額列入預算，保障基層醫療衛生機構正常運行。縣衛生局成立衛生系統會計核算中心，科學核定基層醫療衛生機構的收入和支出基數，規範收支項目和標準，規範收支行為，統籌資金統一核定撥付，基層醫療衛生機構的收入全部由縣衛生局財務專戶管理。
（四）強化基層醫療衛生機構管理。縣衛生局要加大管理力度，支持和引導基層醫療衛生機構進一步強化內部管理，規範服務行為，增強發展後勁。基層醫療衛生機構實施基本藥物制度後，不得新增加債務。繼續對村衛生室實行一體化管理，即人員統一調配、工資統一發放、藥品統一配送、賬目統一管理。不斷改善村衛生室診療條件，提高村醫待遇，調動村醫的積極性。