項目由縣人民政府組織協調，菸草公司牽頭，成立**縣煙菸葉生產基礎設施項目建設及烤房建設領導小組，由政府副縣長任組長，縣菸草公司經理、煙辦主任、水利局局長任副組長，成員包括農業、紀檢監察、審計、財政等部門領導。由鎮人民政府負責組織，菸草分公司牽頭，整合縣煙辦、水利、農業、財政等部門的力量，發揮優勢互補、協作配合的潛能，確保項目順利實施。各項目建設單位成立了項目建設領導小組，組建工程建設指揮部，抽調相關單位得力幹部及專業技術人員具體負責組織實施，使縣、鎮和村組、農戶成為一個統一的連動體，為項目的順利實施提供強有力的組織保障。
2、健全規章制度，規範管理
除國家菸草專賣局和省菸草公司制定下發的相關項目建設管理辦法外，玉溪市制定了《玉溪市菸葉生產基礎設施建設項目管理辦法（試行）》、《玉溪市菸葉生產基礎設施建設項目工程質量監督管理辦法（試行）》、《玉溪市菸葉生產基礎設施建設項目市級財政補助資金管理辦法（試行）》、《玉溪市菸葉生產基礎設施建設項目菸草行業補助資金管理辦法（試行）》、《玉溪市菸葉生產基礎設施建設項目竣工驗收辦法（試行）》、《玉溪市水利局關於菸葉生產基礎設施建設項目質量監督管理的實施意見》等規範性檔案，使整個項目的建設管理嚴格按規定執行。
按照項目管理辦法，每一件工程在施工前與村委會簽訂菸葉生產基礎設施建設項目補貼契約，約定12年內在該建設區域種植烤菸，使管理進一步規範，投資有回報。
3、嚴格申報和審批程式，確保項目區選點準確，建設方案科學合理
在項目的規劃和選擇上，實行自願申報、層層落實、逐級把關，統籌審批的原則。凡經過菸農、組、村提出的建設項目申請，交鄉鎮匯總，擇優選定項目區，報縣級審查後申報到市。申報內容包括項目區規劃設計圖、施工圖、工程預算等。市級派出專業人員進行初審，報市菸葉生產基礎設施建設領導小組篩選後確認項目區，下達批覆由縣編制項目區實施方案；項目區實施方案經市級專業技術人員複審後，交領導小組審核、正式下達審批後才組織實施。做到總體規劃科學合理，年度實施計畫清晰，建設工程件件有方案，項目區片片有批覆，確保前期工作質量，為項目嚴格按建設計畫實施奠定堅實基礎。
4、堅持民辦公助，充分發動民眾投工投勞
在菸葉生產基礎設施建設中，我縣始終堅持民辦公助的原則，並按照集體公益事業“一事一議”管理制度要求，充分調動民眾投工投勞，縣規劃項目和市級審批項目區時把項目區民眾投工投勞積極性作為一個因素進行考慮，除壩塘整修工程外，規定土建工程、原材料搬運由受益農戶承擔，用集資或投勞折資的辦法，調動民眾參與建設的積極性。另外，在項目篩選上對民眾投工投勞積極性高的鄉鎮、村組適當給予傾斜，使民眾積極性高的鄉鎮、村組得到實惠，進一步提高了民眾投工投勞的積極性。
6、建立完善檔案管理制度，逐步實行信息化管理
按照國家局、省局公司要求建立了分類、分項目的分戶檔案，標註了項目建造標識和項目驗收標識，完成了項目管護的移交等工作，建立了菸葉生產基礎設施建設項目的電子文檔，加強信息化管理工作。