一、創新稅務稽查理念
1、樹立“狠、準、快”的打擊理念。新《征管法實施細則》第九條指出，稽查局是負責打擊偷稅、抗稅、騙稅等稅務違法的專門機構，這要求稽查部門必需樹立“狠、準、快”的打擊理念。敏銳發現涉稅違法的嫌疑對象，準確界定偷稅、抗稅、騙稅等涉稅違法案件，並快速、狠狠打擊。只有這樣才能充分發揮稅務稽查的打擊職能，維護稅收秩序良性運行。
2、樹立稽查經濟觀的服務理念。稅務稽查服務經濟的意識在稅務部門十分薄弱。長期以來，稅務稽查重檢查、輕幫助，重數量、輕質量，重回報、輕整改的現象普遍存在。經濟決定稅收，稅收對經濟具有反作用。通過稅務稽查發現問題，及時提出稽查意見，積極幫助企業提高經營管理水平。同時通過稅務稽查，有力打擊偷騙稅行為，維護稅收秩序，確保公正執法，全面營造一個公平競爭的市場經濟環境，從而實現稅收與經濟的良性互動。
3、樹立稽查與征管互動的理念。徵收、管理、檢查是稅收工作重要的三個環節，屬同一個問題的三個方面。但在稅收工作實踐中，徵收管理部門下企業很少，稽查部門下企業則多一些。沒有調查，就沒有發言權，真正能深入發現企業存在稅收問題的還是稅務稽查部門。但稅務稽查成果存在套用不高的問題。稽查部門在納稅人檢查中發現的征管問題，沒有規範的制度向征管部門反饋，以查促管的職能停留在口頭上。稅務稽查要樹立全局觀念，重視與征管的協作互動，及時把稅務稽查中發現的征管問題反饋征管部門，充分發揮以查促管的職能。
二、創新稅務稽查機制
1、選案機制科學化。選案是稅務稽查的基礎工作，選案準確，可以使稅務稽查檢查工作事半功倍。做到稅務稽查選案的準確化，必須在選案途徑上做到多元、及時、準確。要拓展選案渠道，除繼續做好舉報、計算機選案外，還應加大選案的途徑研究，對納稅戶實行預警選案制，設定科學的稅負率參考值，對連續三個月零稅負申報、低稅負申報及低於設定規定稅負率的納稅人自動及時轉入稅務稽查案源庫。增加案源比較研究，對稅負合理的企業，要在納稅額上、生產規模上進行比較，看是否存在賬外循環，人為操作稅負的假象。
2、檢查機制規範化。稅務檢查要嚴格遵循各項稅收法規的規定、程式進行，充分保護征納雙方權益，推進依法治稅。堅決克服隨意進行稅務檢查的現象，切實建立查有案源、查前告知、查中輔導、查後反饋制度，公正執法，陽光稽查。對檢查中發現的問題，要取證規範、事實確鑿、定性準確、以法服人。
3、審理機制公開化。所有檢查部門移送審理部門的稅務案件，全部實行審理公開化。建立審理涉稅案件的人員公開、過程公開、結果公開制度。審理委員會要定期對審理的稅務案件就涉稅主要事實、處理決定在稅務公告欄及時告之於民，接受民眾監督。
4、執行機製法制化。稅務稽查案件執行難，或執行不到位的情況十分突出。解決稅務執行難的問題，要完善執行制度，改進執行措施，提高執行效率。特別是要加強與公安機關的協作配合，及時依法排除執行難的問題。
三、創新稅務稽查方法
1、陽光稽查。積極實行查前告知、企業自查、入企查實、查後公告制度。在稅務稽查實踐中，確實存在企業善意造成少繳稅款的情況，實行企業自查，自行更正補報，不罰款，可以減輕稅務稽查人手少的壓力，同時維護企業、國家的利益。但企業自查不實，由稅務稽查部門查出的少繳稅款，則實行嚴格的處罰。
2、死賬活查。針對做假賬的企業來說，稅務稽查傳統的就賬查賬方法已無用武之地。因此，稽查人員應死賬活查。就現有的賬本記錄，根據企業的生產規模、用工、費用、效率等情況科學推論出企業的偷稅嫌疑，敏銳發現偷稅事實，讓企業偷稅無容身之地。
3、電子稽查。隨著現代企業的發展，會計電算化在許多規模企業套用，傳統的稅務稽查將受到嚴峻挑戰。稅務稽查部門，應適應時代發展，開發電子查賬軟體，培養電子查賬能手，有所作為，防止新的偷、騙稅情況發生。
四、創新稽查隊伍建設
1、推行稽查人員準入制。稽查人員素質的高低，決定稅務稽查質量和效率及稅務稽查事業的全面發展。對稅務稽查人員應實行準入制度，設定準入條件：一是對進入稽查隊伍的人員必須逢進必考;二是報考人員應具備相應資格條件。專業對口，如所學專業是稅收、法律、會計、計算機專業，有二年以上稅務工作經歷。切實把好稅務稽查人員入口關。
2、推行能級管理動態制。對進入稽查隊伍的人員應實行能級動態管理。一是對所有稽查人員通過考試、考評等手段，評定一、二、三稽查人員能級。二是對能級人員實行動態管理。通過一年一考、一年一評的政績結果，實行能及更新，推行能上能下。三是實行能級與報酬、待遇掛鈎，獎勤罰懶，推進工作。
3、推行任職限期輪崗制。要實行稽查人員任期限期輪崗制，在一個崗位工作滿5年的進行內部崗位輪換，通過崗位變換，全面鍛鍊、提高稽查人員綜合素質，從根本上激活稽查隊伍，不斷推進稽查工作向前發展。