第十三條醫院要嚴格執行批覆的預算。經批覆的醫院預算是控制醫院日常業務、經濟活動的依據和衡量其合理性的標準，醫院要嚴格執行，並將預算逐級分解，落實到具體的責任單位或責任人。醫院在預算執行過程中應定期將執行情況與預算進行對比分析，及時發現偏差、查找原因，採取必要措施，保證預算整體目標的順利完成。
第十四條醫院應按照規定調整預算。財政部門核定的財政補助等資金預算及其他項目預算執行中一般不予調整。當事業發展計畫有較大調整，或者根據國家有關政策需要增加或減少支出、對預算執行影響較大時，醫院應當按照規定程式提出調整預算建議，經主管部門(或舉辦單位)審核後報財政部門按規定程式調整預算。
收入預算調整後，相應調增或調減支出預算。
第十五條年度終了，醫院應按照財政部門決算編制要求，真實、完整、準確、及時編制決算。
醫院年度決算由主管部門(或舉辦單位)匯總報財政部門審核批覆。對財政部門批覆調整的事項，醫院應及時調整相關數據。
第十六條醫院要加強預算執行結果的分析和考核，並將預算執行結果、成本控制目標實現情況和業務工作效率等一併作為內部業務綜合考核的重要內容。逐步建立與年終評比、內部收入分配掛鈎機制。
主管部門(或舉辦單位)