第十二條，敦煌學研究基地蘭州大學敦煌研究所設立學術委員會，負責審議基地的研究方向、開放研究經費資助課題和編制課題指南，制定敦煌學研究基地中長期發展規劃。學術委員會委員由學校遴選，學術委員會主任經協商決定，報教育部同意後，由蘭州大學聘任。學術委員會中蘭州大學和敦煌研究院的委員不得超過委員總數的二分之一。學術委員會任期一般為三年，每次換屆更換的人數不得少於四分之一。
第十三條，敦煌學研究基地蘭州大學敦煌學研究所實行所長負責制，對基地的行政工作、科學研究、專職人員聘任、學術交流、資產管理、財務等實行統一管理。基地負責人的年齡一般不超過六十歲，由蘭州大學從優秀的敦煌學專家中遴選聘任。副所長由基地負責人提名，報學校同意後聘任。基地負責人任期一般為三年，可連續聘任。
第十四條，蘭州大學為敦煌學研究基地配備結構合理的學術研究隊伍，基地科研人員由採取動態管理，帶課題經費進基地，其他兼職人員配課題經費的形式進基地，實行課題負責制。
第十五條，敦煌學研究基地資料中心—中國敦煌吐魯番學會蘭州大學資料中心，採取研究所與學校圖書館共建，雙重管理，由圖書館向資料中心注入一定經費用於購買資料。
第十六條，蘭州大學為敦煌學研究基地配備聘任行政、學術秘書，協助所長處理日常事務。
第四章附則
第十七條，本辦法由蘭州大學解釋。
第十八條，本辦法自發布之日起施行。