應繳款項包括高等學校收取的應當上繳國庫或者財政專戶的資金、應繳稅費，以及其他按照國家有關規定應當上繳的款項。
代管款項是指高等學校接受委託代為管理的各類款項。
第五十四條 高等學校應當對不同性質的負債分類管理，及時清理並按照規定辦理結算，保證各項負債在規定期限內歸還。
第五十五條 高等學校應當建立健全財務風險控制機制，規範和加強借入款項管理，嚴格執行審批程式，不得違反規定舉借債務和提供擔保。具體審批辦法由主管部門會同同級財政部門制定。
第十章 成本費用管理
第五十六條 高等學校應當根據事業發展需要，實行內部成本費用管理。
第五十七條 費用是高等學校為完成教學、科研、管理等活動而發生的當期資產耗費和損失。
第五十八條 高等學校應當在支出管理基礎上，將效益與本會計年度相關的支出計入當期費用；將效益與兩個或者兩個以上會計年度相關的支出，按照有關規定,以固定資產折舊、無形資產攤銷等形式分期計入費用。
第五十九條 成本核算是指按照相關核算對象和核算方法，對高等學校業務活動中發生的各種費用進行歸集、分配和計算。
第六十條 費用按照其用途歸集，主要包括：教育費用、科研費用、管理費用、離退休費用和其他費用。
教育費用是指高等學校在教學、教輔、學生事務和其他教育活動中發生的各項費用。
科研費用是指高等學校為完成所承擔的科研任務而發生的各項費用。
管理費用是指高等學校為完成學校行政管理任務而發生的各項費用。主要包括：高等學校校級行政管理部門發生的各項費用，高等學校統一負擔的工會經費、訴訟費、中介費、印花稅、房產稅和車船使用稅等。
離退休費用是指高等學校負擔的離退休人員社會保障和福利待遇方面的各項費用。
其他費用是指高等學校無法歸屬到本條上述費用中的其他各項費用。主要包括：對附屬單位的補助、上繳上級支出、財務費用、捐贈支出等。
第六十一條 高等學校應當正確歸集實際發生的各項費用；不能直接歸集的，應當按照一定原則和標準合理分攤。
第六十二條 高等學校應當根據實際需要，逐步細化成本核算，開展學校、院系和專業的教育總成本和生均成本等核算工作。科研活動成本的核算應當細化到科研項目。
高等學校成本核算實施細則由國務院財政部門會同教育主管部門制定。
實行內部成本費用管理的高等學校，應當建立成本費用與相關支出的核對機制，以及成本費用分析報告制度。
第十一章 財務清算
第六十三條 經國家有關部門批准，高等學校發生劃轉、撤銷、合併、分立時，應當進行財務清算。
第六十四條 高等學校財務清算，應當在主管部門和財政部門的監督指導下，對學校的財產、債權、債務等進行全面清理，編制財產目錄和債權、債務清單，提出財產作價依據和債權、債務處理辦法，做好國有資產的移交、接收、劃轉和管理工作，並妥善處理各項遺留問題。
第六十五條 高等學校清算結束後，經主管部門審核並報財政部門批准，其資產分別按照下列辦法處理：
（一）因隸屬關係改變，成建制劃轉的高等學校，全部資產無償移交，並相應劃轉經費指標。