第四章會計核算原則
第十五條高等學校會計年度實行歷年制，自公曆一月一日起至十二月三十一日止。
第十六條高等學校會計核算，一般實行“收付實現制”。對外服務和科研項目的核算，經主管部門批准，也可採用“權責發生制”。高等學校所屬獨立核算的經營性單位，原則上以“權責發生制”為基礎進行會計核算。
第十七條高等學校在會計核算過程中，對各種費用、支出的歸屬，應當按照受益原則加以確認。凡能劃清歸屬對象的費用、支出，均應直接計入有關核算對象;凡不能直接劃清歸屬對象的費用支出，則應採用合理的方法進行分攤。
第十八條高等學校對各種收益項目的結算，應當按照配比原則，將收入同它有聯繫的支出(費用)相比較，收入與支出的內容和時間，必須保持一致。
第十九條高等學校原則上採用資金收付記賬法。高等學校所屬獨立核算單位，可根據有關規定，結合單位具體情況，採用資金收付記賬法、借貸記賬法或增減記賬法。
第二十條高等學校各項財產的計價按有關規定執行。
第二十一條高等學校會計記賬以人民幣為單位(元以下記到角分)。
第五章會計科目
第二十二條下表所列會計科目供高等學校設定和使用。
第二十三條高等學校應當按照本制度的規定根據需要設定和使用上表所列全部或部分會計科目，不得擅自改變科目名稱、核算內容和使用方法。確屬管理上需要變更會計科目的，原則上一個規定的會計科目可以分解為若干個會計科目，但兩個或兩個以上會計科目不得合併在一個會計科目核心算。各會計科目所屬的明細科目，除本制度規定者外，高等學校可以根據業務需要自行設定。
第二十四條會計科目的核算內容和使用方法如下：
100固定資產基金
本科目核算高等學校用教育、科研、基建及其他各種資金購買、自製或無償調入、接受捐贈固定資產所形成的固定資產基金。增加固定資產基金時，收記本科目;減少固定資產基金時，付記本科目。本科目收方餘額反映高等學校現有固定資產占用的資金總額。本科目為“固定資產”科目的對應科目。
102撥入經費
本科目核算高等學校由上級主管部門或財政部門撥入的教育事業費。撥入時，收記本科目;繳回時，付記本科目;年終將“經費支出”科目付方餘額與本科目對沖以及將包乾結餘結轉“經費包乾結餘”科目時，付記本科目。本科目平時收方餘額反映撥入經費累計數;年終沖銷“經費支出”以及結轉“經費包乾結餘”後的收方餘額，反映尚未核銷的撥入教育事業費餘額。
103抵支收入
本科目核算高等學校在上級核撥的教育事業費以外，以收抵支納入預算管理的收入和自收自支按規定定期納入教育事業費預算內列收列支的收入。轉入各項收入時，收記本科目;年終結賬時，付記本科目，將當年全部收入沖轉“經費支出”科目。本科目年終應無餘額。
104經費包乾結餘
本科目核算高等學校實行教育事業費預算包乾後的經費結餘。實行限額撥款方式的高等學校，年終由“撥入經費”轉入時，收記本科目;下年包乾結餘返還轉入“撥入經費”時，付記本科目。年終結餘反映下年上級應返還包乾結餘數。實行劃撥資金方式的高等學校，年終由“撥入經費”科目轉入時，收記本科目;年終沖銷“經費支出”科目中屬於用上年轉入經費包乾結餘所支出的部分時，付記本科目。年終本科目收方餘額為經費包乾滾存結餘。