處理勞動契約爭議除應遵循勞動爭議處理的一般規定外，還應注意以下幾個問題：
處理勞動契約爭議的主要依據應是勞動契約。
因為勞動契約依法訂立即具有法律約束力，雙方必須執行，它是勞動者與用人單位確立勞動關係、明確雙方權利和義務的協定，一般來講比較具體，而且法律上沒有規定或沒有明確規定的內容，只要雙方當事人協商一致，都可寫入契約，所以處理勞動契約爭議應主要依據勞動契約。比如：有關分房、調離單位退房的問題，違約賠償經濟損失的標準，計算方法的問題，只要契約中有明確約定，發生勞動爭議都應按契約執行，否則將很難處理。然而，目前由於人們的契約意識較差，法制觀念淡薄，簽訂勞動契約的質量不高，因此勞動契約是處理契約爭議主要依據的地位還不明顯。
處理勞動契約爭議應首先確認契約是否有效。
《勞動法》第18條規定了無效勞動契約的條件，即“違反法律、行政法規的勞動契約;採取欺詐、威脅等手段訂立的勞動契約。”無效勞動契約，從訂立之日起就沒有法律約束力。部分條款無效的，如果不影響其餘部分的效力，其餘部分仍然有效。根據這一規定，在確認勞動契約是否有效的基礎上，才能確定處理勞動契約爭議的依據。如果在確認勞動契約是否有效的過程中，雙方當事人發生爭議，應首先向仲裁委員會申請確認，然後再處理其他契約爭議。
何為特定條件下訂立勞動契約爭議
一般情況下勞動契約訂立之前，用人單位與勞動者是不存在勞動關係的。因此，雙方因訂立勞動契約發生的爭議不屬於勞動爭議。而特定條件下訂立勞動契約爭議，是指用人單位與勞動者由於某種原因已建立了事實上的勞動關係，此後又因補訂勞動契約發生糾紛，所以這類爭議屬於勞動爭議。勞動部在《關於勞動爭議仲裁工作幾個問題的通知》(勞部發[1995]338號)中，明確規定這類爭議屬於勞動爭議的受理範圍。
勞動契約無效時，處理契約爭議應依據法律規範。
當確認勞動契約為無效契約後，處理契約爭議應依據相關的勞動法律規範和其他法律規範，盡力保護當事人的合法權利。
處理勞動契約爭議的依據
由於勞動契約的內容比較廣泛，包括工資、社會保險、福利、培訓、勞動條件等等，所以處理勞動契約爭議適用的法律規範性檔案也很廣泛，主要有《勞動法》、《全民所有制企業招用農民契約制工人的規定》、《外商投資企業勞動管理規定》、《私營企業勞動管理暫行規定》、《鄉村集體所有制企業條例》及《企業職工獎懲條例》、《違反和解除勞動契約的經濟補償辦法》、《集體契約規定》、《違反<勞動法>有關勞動契約規定的賠償辦法》等。