本法第二款還進一步規定，發生勞動爭議的雙方當事人分別向勞動契約履行地和用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會申請仲裁的，由勞動契約契約履行地的勞動爭議仲裁委員會管轄。這主要是為了解決當事人就勞動爭議仲裁委員會的管轄權發生爭議時，如何確定勞動爭議仲裁管轄的問題。根據本條的規定，發生勞動爭議的勞動者和用人單位分別向勞動契約履行地或者用人單位所在地的勞動爭議仲裁委員會申請仲裁的，則只能由勞動契約履行地的勞動爭議仲裁委員會管轄。
由此可以看出，我國的勞動爭議仲裁實行的是特殊地域管轄，不實行級別管轄或者協定管轄。特殊地域管轄是指依照當事人之間的某一個特殊的聯結點確定的管轄。本法以勞動契約履行地和用人單位所在地作為聯結點確定勞動爭議仲裁管轄，因此是特殊地域管轄。同時本法不允許雙方當事人協定選擇勞動契約履行地或者用人單位所在地以外的其他勞動爭議仲裁委員會進行管轄。這不同於一般的民商事仲裁，民商事仲裁是允許雙方當事人依法選擇勞動爭議仲裁委員會進行仲裁。
1993年國務院制定的《企業勞動爭議處理條例》規定了縣、市、市轄區應當設立勞動爭議仲裁委員會，沒有明確是否設立省級勞動爭議仲裁委員會。經過了十幾年，各地普遍形成省、市、縣三級勞動爭議仲裁委員會的格局，這必然帶來了上、下級勞動爭議仲裁委員會之間受理勞動爭議案件的分工和許可權問題，即級別管轄問題。各地劃分級別管轄的一般原則是，勞動爭議案件一般由基層的勞動爭議仲裁委員會管轄，特殊和重大的勞動爭議案件的級別管轄由省人民政府規定。各地一般都規定，省級勞動爭議仲裁委員會和設區的市的勞動爭議仲裁委員會，負責處理外商投資企業的勞動爭議和在本省有重大影響的勞動爭議。有的地方還將企業劃分為中央企業、省屬企業和市屬企業等，依此確定不同級別勞動爭議仲裁委員會的管轄權。
本法在勞動爭議仲裁委員會的設定上對以往的體製作了一些突破，主要表現在勞動爭議仲裁委員會不按行政區劃層層設立。勞動爭議仲裁委員會設在同一層面的不同地域，相互之間是獨立的，沒有隸屬關係，不存在上級仲裁委員會可以變更或者撤銷下級仲裁委員會作出的仲裁裁決的問題。因此，勞動爭議仲裁不實行級別管轄。在出現管轄權爭議時，法律又明確規定由勞動契約履行地的勞動爭議仲裁委員會管轄，這也基本避免了由上級主管部門指定管轄的情形。
另外，勞動爭議的管轄還存在移送管轄情形。移送管轄即勞動爭議仲裁委員會將已經受理的無管轄權的勞動爭議案件移送給有管轄權的勞動爭議仲裁委員會。勞動爭議仲裁委員會發現受理的勞動爭議案件不屬於本仲裁委員會管轄時，應當移送有管轄權的勞動爭議仲裁委員會。