土地股份合作較之其它的流轉方式，其優越性是顯而易見的：有助於解決農村土地的確權問題。我們知道，我國憲法規定，農村的土地歸集體所有，由於‘集體’的概念模糊，導致了農村土地所有權的虛化。通過土地股份合作的形式，廣大農戶就能從虛幻的土地集體所有者搖身一變成為實實在在的土地股東，將《土地承包經營權證書》換成《承包土地股權證書》，使農民的土地產權更加明確，土地收益更有保障。能夠有效保障農民的長遠利益。一般的，農民通過土地股份合作的形式獲得收益主要是兩部分：股金紅利和勞動薪金。
與一次性拿到多年的流轉費用相比，它有效避免了資金分散、大量閒置或被突擊消費等對農民的長遠利益沒有好處的行為的發生。同時又可以集中資金進行生產性開發，並從制度上根本保證廣大農民長期分享農業現代化、工業化、城鎮化的收益，使得農民獲得更多更長遠的資本收益，實乃一項兼顧現實與長遠的制度安排。可以集中力量辦大事。17 大報告提出了“探索集體經濟有效實現形式”要求，明確了農村土地制度性變更的指導方針。將村級集體經濟進行股份合作制改革，產權明晰，能夠最大限度地調動村民參與的積極性，最大程度地整合村裡的資源，增強村級集體的經濟實力，為引導農民參與農村公益事業建設做好了鋪墊。
對於村級集體經濟組織所占有的集體土地及資產，更應該推進其以土地為中心的股份合作制改革。以股份合作的形式引進資金和先進技術，既能進一步增強村級集體的經濟實力，又能有效改善以往農村集體經濟組織中普遍存在的政企不分的局面。轉製成本低，土地成本及其服務費用的內部化。從土地承包權“人人有份”的集體所有轉變為土地所有權“人人有股”
的共同占有，無論是意識形態、思想觀念，還是政策操作層面， 都沒有太大的障礙，即轉制的成本較低。其次，土地股份合作把土地成本轉變為股金紅利的同時連同其涉及的愈見高漲的服務費用一併內部化，不增加企業的負擔。
一項制度安排總有它的兩面性，土地股份合作也不例外，有其自身無法抗拒的風險。對於那部分仍以承包土地作為主要就業依託的農民群體，面對股份合作農企在市場運行中可能遭遇的風險，如何保障切身的基本利益，才能避免成為無地又無產的雙無人員；對於部分農業企業主拖欠股金紅利或務工工資，有的契約不能完全執行的隱患；又如何面對實行開放性的土地股份制（允許土地個人股權的轉讓、抵押與流動）的地區勢必產生的土地股權村民持有不平等抑或為少數人掌控的局面。那么，奉著防微杜漸的原則，個人認為可以在以下方面多加留意：加大力度建立覆蓋農村的最低生活保障，從賦予積極配合中央政策、熱心參加土地股份合作的農戶加入低保的優先權開始逐漸發展為吸納流轉效益好的農戶加入農村養老保險；地方政府充分發揮其服務職能，只“監”不“事”，規範契約文本，把握入股企業實力，通過多種渠道多種方式定期抽檢部分土地股份合作公司的經營效益，鼓勵建立土地股份合作社，以組織的力量制衡部分企業主侵害農戶利益的行為；儘管實行封閉性的土地股份制（股份可以繼承，但不允許轉讓、抵押、流動）不利於土地股份制向更高層次的推進，也不利於土地資源更有效率的配置，更不能代表未來的發展趨勢，但就我國農村的現狀而言，還將在較長的時期內處於破解城鄉二元體制的進程中，股權的封閉性在基本維持土地股權村民大體平等格局方面上有著非常重要的意義。