一是主管機關的區別。中共中央辦公廳主管全國黨委系統發的檔案處理工作；國務院辦公廳主管全國政府系統發的檔案處理工作。
二是公文管理規範的區別。黨委發的檔案按照《中國共產黨機關公文處理條例》執行；政府發的檔案按照《國家行政機關公文處理辦法》和《國家行政機關公文格式》執行。
三是文種的區別。黨委發的檔案有14個主要文種，政府發的檔案有13個文種。其中：“決定、通知、通報、報告、請示、批覆、意見、函、會議紀要”等9個文種黨委和政府發的檔案都適用。黨委發的檔案有“決議、指示、公報、條例、規定”等5個特有文種；政府發的檔案有“命令、公告、通告、議案”等4個特有文種。
四是公文版頭的區別。檔案紅色反線以上部分稱為“版頭”。黨委發的檔案版頭的設計與發文形式相聯繫，不同的發文形式，版頭設計及適用的範圍不同。一般對外發文有6種形式：《中共xx市委檔案》（xx發）、《中國共產黨xx市委員會（文種）》（xx文）、《中共xx市委辦公廳（市）檔案》（xx辦）、《中共xx市委辦公廳（室）（文種）》（xx辦文）、《中共xx部檔案》、《中共xx部（文種）》、《中共xx黨組（文種）》。 政府發的檔案沒有這樣詳細的規定，均使用《xx市政府檔案》版頭。此外，黨委發的檔案上行文與下行文、平行文的版頭尺寸完全一致；而政府發的檔案上行文與下行文、平行文的版頭尺寸不一致，需按照《國家行政機關公文格式》加以區別。
五是公文生效標識的區別。公文生效標識包括落款、檔案形成日期、用印。
落款即發文機關署名。黨委發的檔案應當用全稱或規範化的簡稱，位於正文的右下方。政府發的檔案單一機關制發的公文及兩個機關的聯合行文，只在版頭上標識出發文機關，落款處不署發文機關名稱；只有在三個以上機關聯合行文時，為防止出現空白印章，在落款處署名聯合發文機關全稱或規範化簡稱。
成文日期，黨委和政府發的檔案均需標出。但黨委發的檔案要求用阿拉伯數字標識（如XX年6月16日），而政府發的檔案要求用漢字將年、月、日標識（如XX年六月十六日）。
印章。黨委發的檔案印製有特定版頭的普發性公文及會議紀要無須蓋章；政府發的檔案除會議紀要及以電報形式發出的以外，均應加蓋公章，並對印章的位置、排列均作詳細規定。