內部會計控制自身的不完善
1.企業會計核算力度不夠，忽視成本效益
在實際工作中，一些單位內部結算業務繁多，會計部門人手少，處於節省人員成本考慮而不增加財務人員。為加快工作效率，一部分單位採取出納前台接過原始憑證後馬上製作憑證並進行報銷付款的“一條龍”服務。對業務經辦人而言，縮短報銷時間，覺得較為滿意，而從內部控制角度來看由出納一人完成審核、制證、報銷付款工作，容易出差錯和紕漏。
2.會計人員素質低，且思想教育
業務培訓滯後
近幾年來，會計隊伍迅速擴大，但對會計人員的思想教育、業務培訓沒有跟上，有些培訓流於形式，根本起不到提高會計人員素質的作用。
監督檢查機制不健全，缺乏有效的內部審計
目前，有很多企業監督評審主要依靠內審部門來實現，而有些企業的內審部門隸屬於財務部門，與財務部同屬一人領導，內部審計在形式上就缺乏應有的獨立性。另外，在內審的職能上，很多企業的內部審計工作僅僅是審核會計賬目，而在內部稽查、評價內部控制制度是否完善和企業內各組織機構執行職能的效率等方面，卻未能充分發揮應有的作用。
治理企業內部會計控制失效的對策
建立和完善企業內部會計控制制度，提高企業的管理水平
1.嚴格授權批准控制制度
授權批准制度規定各級管理人員的職責範圍、業務處理許可權和承擔的相應責任，各級工作人員必須經過授權和批准才能對有關業務進行處理。加強和完善企業內部會計控制制度必須有嚴格的授權批准制度。
2.不相容職務分離與業務記錄控制制度
按照不相容職務相互分離的原則，要求單位合理設定會計及相關工作崗位，明確職責許可權，形成相互制衡機制。個人不能同時兼任可能隱匿自己所犯錯誤和不軌行為的職務。不相容的經濟業務至少有兩個或兩個以上的個人和部門參加，只要這些人員和部門不相互勾結，差錯和不軌行為就很容易被發現，通過職務分離不但提高工作效率，而且也使內部會計控制得到有效實施，保證會計信息的真實完整。
業務記錄控制制度是指對經濟業務進行會計賬務記錄時必須採取一系列措施和方法，以保證會計記錄的真實、及時和準確，包括審核制度、定期核對制度完善的憑證傳遞程式、簽字蓋章制度。尤其是在會計電算化建設進程中，有效地加強會計內部控制與防範計算機風險：一是要運用計算機對各項會計業務進行檢查；二是要建立一套先進的會計內部控制信息系統，用現代化手段對會計數據進行整理分析；三是在套用軟體開發中，設計會計業務處理程式時要將制約、監督等風險控制防範功能融入其中，使操作人員必須按照職責許可權和有制約的操作程式才能進入系統處理會計業務，以達到防範技術風險和計算機犯罪。
強化內部會計控制，積極發揮內部會計控制的作用
1.建立單位多層次會計控制體制，使內控機構發揮應有的作用
建立單位財務負責人、會計部門及會計人員等層次會計控制體制，能夠使各項控制措施有制度上、程式化的保證。層次化的會計控制體制是通過明確各方關係人的權利和責任來實現的，使得每個群體或個人的行為都處在他人的監督和控制之下，避免出現按會計控制的“真空地帶”或“控制盲點”，而使會計控制流於形式、難收成效。