《高校畢業生就業協定書》與勞動契約是用人單位錄用畢業生時所訂立的書面協定，但兩者分處兩個相互聯繫的不同階段，表現在：
1、《高校畢業生就業協定書》是畢業生在校時，由學校參與見證的，與用人單位協商簽訂的，是編制畢業生就業計畫方案和畢業生派遣的依據，勞動契約是畢業生與用人單位明確勞動關係中權利義務關係的協定，學校不是勞動契約的主體，也不是勞動契約的見證方，勞動契約是上崗畢業生從事何種崗位、享受何種待遇等權利和義務的依據。
2、《高校畢業生就業協定書》的內容主要是畢業生如實介紹自身情況，並表示願意到用人單位就業，用人單位表示願意接收畢業生，學校同意推薦畢業生並列入就業划進行派遣。勞動契約的內容涉及勞動報酬、勞動保護、工作內容、勞動紀律等方方面面，更為具體，勞動權利義務更為明確。
3、一般來說《高校畢業生就業協定書》簽訂在前，勞動契約訂立在後，如果畢業生與用人單位就工資待遇、住房等有事先約定，亦可在《高校畢業生就業協定書》備註條款中予以註明，日後訂立勞動契約對此內容應予認可。
4、《高校畢業生就業協定書》是畢業生和用人單位關於將來就業意向的初步約定，對於雙方的基本條件以及即將簽訂勞動契約的部分基本內容大體認可，並經用人單位的上級主管部門和高校就業部門同意和見證，一經畢業生、用人單位、高校 用人單位主管部門簽字蓋章，即具有一定的法律效應，是編制畢業生就業計畫和將來可能發生違約情況時的判斷依據。