XX年，校共青團工作的指導思想是：高舉中國特色社會主義偉大旗幟，以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，深入貫徹落實科學發展觀，認真學習貫徹黨的xx大和團的xx大精神，堅持黨建帶團建，著力構建具有南醫大共青團特色的科學工作體系，切實履行共青團的四項基本職能，圍繞學校育人根本目標，不斷深化思想引領和成長服務兩大戰略任務，堅持先進文化引領，繼續深化“一二三四五六”工程，根據兩個“全體青年”政治目標，狠抓基層組織建設和基層工作，為“xx”開好頭、起好步，以實際行動迎接建黨90周年。
一、圍繞學校育人根本目標，不斷加強學生思想引領工作
1、堅持用社會主義核心價值體系教育引導青年。根據團中央《關於在全團開展分類引導青年工作的實施意見》及《思想引導大綱》，配合團省委“青春導航行動”，引導學生把愛國主義和社會主義、民族精神和時代精神、個人成就和社會責任緊密結合，不斷鞏固和擴大黨執政的青年民眾基礎。
2、推進“大學生青年馬克思主義者培養工程”。實施《南京醫科大學“大學生青年馬克思主義者培養工程”方案》，建立學校、院系級骨幹培養人才庫，組建培訓師資隊伍，舉辦學生骨幹培訓班，開展主題鮮明、內容豐富、形式新穎的培訓課程和掛職鍛鍊，並認真積極選派優秀學生骨幹參加全省和全國培訓。
3、以重要紀念活動為載體，引領青年學生思想成長。圍繞建黨90周年、辛亥革命100周年、五四運動92周年、國慶、“一二·九”等紀念日和端午、中秋等節日，持續推進“紅色校園文化年”主題教育活動。
4、探索先進青年典型思想引領新平台。配合全省“我們身邊的好青年”海選活動，開展第五屆“南醫大十佳青年（教職工）”評選，同時通過“青年學子之星”評選、“我的青春故事”大學生成長體驗報告會等活動，用身邊人、身邊事教育引導廣大青年，廣泛宣傳對青年有啟發意義的青春創業故事、青春成長故事和青春奉獻故事。
5、健全青年學生輿情網路體系。全面貫徹實施高校共青團“紅網工程”，完善基層團組織信息員隊伍建設。加強共青團“太陽花”網站和《工作簡報》、《百藝》、《志願者之家》等團屬傳媒的輿論引導。做好團省委、省學聯《大學生社會觀察導航》的發行工作。
二、健全實踐育人工作體系，切實做好學生成長服務工作
6、圍繞紀念建黨90周年廣泛開展主題教育活動。以“追尋紅色足跡，奏響青春之歌”為主題，抓住五四、七一、十一等重要時間節點，持續開展“紅色校園文化年”活動，將紅色文化融入第二十一屆校園科技文化藝術節、校園集體舞大賽、“黨在我心中”黨團知識競賽、“我們的節日”紀念活動、第九屆“陽光杯”新生風采大賽、第十一屆學生社團巡禮、團支部拉力賽、迎新晚會、XX新年音樂會等大型活動。
7、繼續深入開展“三百工程”系列活動。通過文化活動進公寓、團支部拉力賽等形式推進“讀百部好書，唱百首好歌，吟百首好詩（詞）”的“三百工程”深入開展。