3.為職工購買各類應稅團體險，如補充醫療保險、意外傷害保險、重大疾病保險（綜合保障保險），交通意外保險等未按規定足額代扣代繳個人所得稅。在徵稅時，應將支付的保費支出按個人應得額度計入每個被保險人當月收入，與當月工資薪金所得合併計算個人所得稅。未劃分到個人的，將保費平均計入被保險人當月收入，合併計稅。
（四）住房公積金
單位和個人超過比例和標準繳存的住房公積金，未按規定代扣代繳個人所得稅。
（五）各種補貼、獎金收入
1.車改補貼。進行了公務用車改革的企業，所在地省級人民政府已明確公務用車改革稅前扣除標準的，在標準限額以外，另外以油票、停車票、過路費等發票報銷方式再為職工報銷費用的，一律計入當月個人收入計征個人所得稅；未經省級人民政府明確公務用車改革稅前扣除標準的地區，以定額補貼或發票報銷、發放給職工交通卡等方式所解決的費用，應合理確定其中的部分為個人工資收入，按照有關規定計征個人所得稅。
2.以發票報銷或現金形式發放的各種獎金，如過節費、防暑降溫費、誤餐補貼、加班費、休假補貼、療養補貼、先進獎、筆記本維修費及各種實物等未足額代扣代繳個人所得稅。
3.發放購房貸款補貼和超標準的房改補貼，未按規定代扣繳個人所得稅；
4.為職工已取得的房產支付暖氣費、物業費，未納入當月工薪計算繳納個人所得稅。
5.利用財務集中核算模式，從下屬機構經費項目中列支的補貼、分紅、福利等項目，未足額代扣代繳個人所得稅。
（六）股票期權問題
執行員工股票期權計畫，員工在行權時直接按市價出售，獲取售價和購入價之間的差價收益,未按工資薪金所得繳納個人所得稅。
（七）個人所得稅計算方法錯誤的問題
1.由單位為個人承擔的個人所得稅應併入工資總額、將不含稅收入換算為含稅收入，計算代扣代繳個人所得稅。
2.年終一次性獎金計算錯誤，主要將季度獎、半年獎等全年綜合性獎金重複按年終一次性獎金計算方法，少扣繳個人所得稅。
3.職工每月的工資由標準工資、績效工資、月獎金三部分構成，企業僅能按月按人對標準工資代扣個人所得稅，而績效工資、月獎金一般是按照部門進行發放，然後由部門進行二次考核，但在計算個人所得稅時未能明確到人並與所屬發放當月標準工資進行合併計算，造成少扣稅款。
（八）其他問題
1.為關聯單位人員報銷話費，由於所報銷話費的關聯單位人員不屬於本單位職工，應對其所報銷的話費按“偶然所得”代扣個人所得稅。
2.支付給自然人的佣金、勞務費、技術業務外包費等，未代扣代繳個人所得稅。
四、其他地方稅種
（一）城市房地產稅
1.計算繳納城市房地產稅時，將辦公樓原值申報房產稅，未將消防設備、電梯、中央空調等房屋附屬設備、配套設施一併作價計入房屋原值，少繳城市房地產稅。
2.部分房產在購置、裝修等更新改造過程中，對房產價值有調整的未按調整後的金額重新計算，造成少繳納城市房地產稅。
3.已經交付使用的房屋在建工程，長期不結轉固定資產，不申報繳納城市房產稅。
4.將出租房產視同自用房產，少繳房產稅。
5.取得房產租賃、轉租收入，未按規定足額申報納稅。
6.土地計征城市房地產稅問題
直接購買的房地產或購買土地自建房屋，其土地價值已包含在購買價中或建造成本中，因此，不論財務處理如何，在計征城市房地產稅時，不允許通過評估等方式將土地價值剝離出來；國家劃撥（含授權經營）方式取得的土地，這部分土地價值（包括評估增值的價值）暫不計征城市房地產稅，但如果改制上市時，補繳了土地出讓金，土地使用權已發生變化，應該將土地價值併入房產計征城市房地產稅。