奇經八脈縱橫交叉循行於十二經脈之間，具有如下三方面的生理作用：
1．進一步密切了十二經脈之間的聯繫
奇經八脈在其循行的過程中，同十二經脈的某些經脈交叉銜接，從而緊密地溝通了各條經脈之間的相互聯繫。
2．調節十二經脈之氣血
奇經八脈錯綜分布，循行於十二經脈之間，當十二經脈的氣血旺盛而有餘時，則流注於奇經八脈，蓄以備用；當人體生理功能活動需要或十二經脈氣血不足時，則可由奇經“溢出”，滲灌和供應於全身組織，予以補充。李時珍在《奇經八脈考》中將奇經喻為“湖澤”，即指其有調節氣血作用而言。《靈樞·逆順肥瘦》指出，沖脈上行能“滲諸陽”、“灌諸經”，下行則“滲三陰”、“注諸絡”，亦是說明奇經有滲灌、溢蓄等調節十二經脈氣血的功能。
3．與肝、腎等髒及腦髓、女子胞等奇恆之腑關係密切
其中女子胞和腦髓主要與奇經直接聯繫，相互之間在生理和病理上均有一定的影響，如沖、任、督三脈一源而三歧，都起於胞中，帶脈則環腰一周，使它們互相溝通，成為一個相互聯絡調節的系統，其與肝經相通，又和盆腔內的生殖器官相聯繫，故與女子的經、帶、胎、產等密切相關。