本次自主招生採用考生志願申請方式，申請者登錄上海交通大學校園網或在自主招生報名系統中申請報名。
1月20日學校開通網上報名系統；2月2日18時報名系統關閉，不再接受任何報名和信息修改；2月5日18時前接收申請者遞交紙質材料，逾期不再受理。
面試人選確定的原則及辦法方面，以申請者的學業水平、綜合素質和發展潛能為主要評價依據，對每位申請者的申請材料，按學科大類隨機抽取兩位評審專家，獨立完成綜合評價，擇優確定參加面試候選人。
學校組織100多名教授、專家隨機組成若干面試小組，每個小組由不同學科的5名專家組成。獲得面試資格的學生將根據填報的第一專業志願所屬學科大類被隨機分組並確定面試次序。面試專家根據學生的學業水平、能力和素質等方面情況獨立給出綜合評價意見。