再次提請審議的環境影響評價法草案規定：行政部門預審、審核、審批建設項目環境影響評價檔案，不得收取任何費用。在審批中收取費用的，由其上級機關或監察機關責令退還；情節嚴重的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予行政處分。
在九屆全國人大常委會第二十九次會議上，全國人大法律委員會副主任委員李伯勇就環境影響評價法草案修改情況作了匯報。李伯勇說，國務院法制辦匯總國務院有關部門的意見和一些地方提出，草案關於對政策進行環境影響評價的規定過於原則，缺乏可操作性，我國迄今尚無對政策進行環境影響評價的實踐經驗，國外也剛開展研究，還沒有成熟的經驗可資借鑑，目前對政策進行環境影響評價的立法條件尚不成熟。經與環境與資源保護委員會和國務院有關部門反覆研究協調，法律委員會建議刪去草案中關於對政策進行環境影響評價的規定。
李伯勇說，有些地方、部門提出，草案關於對規划進行環境影響評價的規定，目前也缺乏實踐經驗，現在就以立法規定，是否可行，建議再作研究。也有的地方和部門提出，對某些對環境有較大影響的專項規劃，可以逐步開展環境影響評價工作，但應當按照環境保護的需要和實際可行的原則，確定具體範圍。法律委員會、法制工作委員會經與有關部門反覆研究協調，建議保留對有關規划進行環境影響評價的規定，同時規定由國務院有關部門對應進行環境影響評價的規劃的具體範圍作出規定，報國務院批准後執行，以便在實際工作中可以操作。
李伯勇說，有的部門提出，參加對規劃的環境影響報告書進行審查的專家，應當從由有關專家組成的專家庫中隨機抽取，以做到客觀、公正，保證審查質量。因此，法律委員會建議在草案中增加有關規定。
李伯勇說，有的部門提出，建設單位應有權自行選定依法取得相應資質的為建設項目環境影響評價提供技術服務的機構對其建設項目進行環境影響評價，行政機關等任何單位和個人都不得為建設單位指定進行建設項目環境影響評價的機構。為此法律委員會建議增加規定：任何單位和個人不得為建設單位指定對其建設項目進行環境影響評價的機構。