按照復旦大學２００７年自主選拔錄取方案，凡已參加２００７年復旦大學優秀高中畢業生選拔測試，且成績在前２０００名的學生具備申請資格，申請資格被確認的學生可向復旦大學招生辦公室提出入學申請，提交申請表、高中階段學習成績單、兩封推薦信以及代表本人能力或水平的證明材料等。
上海交大２００７年自主選拔錄取的實施方案為：１月２０日至２月２日，上海交大開通網上報名系統，由符合相關條件的優秀高中畢業生自主申請，校方將根據申請者材料，以申請者的學業水平、綜合素質和發展潛能為主要評價依據，按學科大類對申請者進行資格審查。校方將根據申請者學業水平和面試考核成績擇優錄取，４月初向社會公示預錄取結果名單。
值得一提的是，被復旦、上海交大兩校預錄取的學生還須參加２００７年聯考。上海交大今年還特別設立了自主招生專項獎學金，表現優異的６０名學生將獲得全獎或半獎優秀新生獎學金。