在進行會計核算中，經常會涉及到增值稅的進項稅額轉出與銷項稅額會計核算問題。比如有一些經濟業務可能涉及到應稅項目與非應稅項目；有一些經濟業務按照會計核算要求不確認收入可按成本轉賬，但稅法要求作為視同銷售處理，計算繳納增值稅。所以在進行會計核算時，這些經濟業務中所涉及到增值稅經常容易混淆其進項稅額轉出和銷項稅額的界線。此外有一些經濟業務不僅涉及增值稅，還可能同時涉及到消費稅。
一、 不予抵扣項目的會計處理
按照增值稅條例的規定，不予抵扣的進項稅額，在會計處理時應採用不同的方法：
1.屬於購入物資即能認定其進項稅額不能抵扣的。例如購進的固定資產、購入的物資直接用於免稅項目、或用於非應稅項目、或直接用於集體福利和個人消費等，即使取得增值稅專用發票，其進項稅額不能抵扣應計入所購入物資成本中。
例如：a企業購入固定資產，取得增值稅專用發票，價款為500000元，進項稅額85000元，包裝費、運雜費為1000元，全部款項以銀行存款支付。則會計賬務處理為：
借：固定資產
500000＋85000＋1000=586000
貸：銀行存款586000
2.屬於原先購入物資即能認定其進項稅額能抵扣 ，即進項稅額已記入“應交稅金—應交增值稅（進項稅額）”科目，但後來由於購入物資改變用途或發生非常損失，按照規定應將原已記入進項稅額並已支付的增值稅，通過“應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出）”轉入“在建工程”、“應付福利費”、“待處理財產損溢”等科目。該部分進項稅額不得從銷項稅額中抵扣，只能作為進項稅額轉出。
例如：a企業福利部門領用生產用原材料一批，實際成本為4000元；為購建固定資產的在建工程領用生產用原材料一批，實際成本為5000元。a企業為一般納稅人，增值稅率為17％。則會計賬務處理為：
借：應付福利費
4000＋4000×17％=4680
貸：原材料4000
應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出） 680
借：在建工程
5000＋5000×17％=5850
貸：原材料5000
應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出） 850
例如：a企業原材料發生非常損失，其實際成本為7500元。a企業為一般納稅人，增值稅率為17％。則會計賬務處理為：
借：待處理財產損溢—待處理流動資產損溢8775
貸：原材料7500
應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出）7500×17％=1275
例如：a企業庫存商品發生非常損失，其實際成本為37000元，其中所耗原材料成本為20000元。a企業為一般納稅人，增值稅率為17％。則會計賬務處理為：
借：待處理財產損溢—待處理流動資產損溢40400
貸：庫存商品37000
應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出）20000×17％=3400
如果上述例題中改為在產品，其他資料不變，則會計賬務處理：
借：待處理財產損溢—待處理流動資產損溢40400
貸：生產成本37000
應交稅金—應交增值稅（進項稅額轉出）20000×17％=3400