出口企業以來料加工貿易方式免稅進口原材料、零部件後，憑海關核簽的來料加工進口貨物報關單和來料加工登記手冊向主管出口退稅的稅務機關申請辦理“來料加工貿易免稅證明”，持此證明向主管徵稅的稅務機關申請辦理免徵其加工或委託加工貨物及其工繳費的增值稅、消費稅。貨物出口後，出口企業應憑來料加工出口貨物報關單和海關已核銷的來料加工登記手冊、收匯憑證向主管出口退稅的稅務機關辦理核銷手續。逾期未核銷的，主管出口退稅的稅務機關會同海關和主管徵稅的稅務機關予以補稅和處罰（國稅發［1994］031號）。
主管出口退稅的稅務機關在出具“來料加工貿易免稅證明”之前，應按出口退稅電子化管理辦法的要求，對出口企業填報的“來料加工貿易免稅證明”的有關信息進行電子信息化對審，審核無誤後方能簽署有關印章（國稅發［1996］79號）。