有出口捲菸經營權的企業出口國家捲菸計畫內的捲菸，按下列辦法免徵增值稅、消費稅。其他非計畫內出口的捲菸照章徵收增值稅和消費稅，出口後一律不退稅（國稅發［1994］031號）：
出口企業向捲菸廠購進捲菸用於出口的，慶先向主管其出口退各的稅務機關申報辦理“準予免稅購進出口捲菸證明”（見下表），然後轉交捲菸廠，由捲菸廠據此向主管其徵稅的稅務機關申請辦理免稅手續。已批准免稅的捲菸，捲菸廠必須以下不含消費稅、增值稅的價格銷售給出口企業。
主管出口退稅的稅務機關必須嚴格按照國家出口捲菸計畫的數量核簽“準予免稅購進出口捲菸證明”。國家出口捲菸計畫以國家稅務總局下發的計畫為準。年初在出口捲菸稅計畫下達之前，各地主管出口退稅的稅務機關可以按照出口企業上年年初完成的國家出口捲菸免稅計畫的進度核簽“準予免稅購進出口捲菸證明”。
主管捲菸廠徵稅的稅務機關必須嚴格按照“準予免稅購進出口捲菸證明”所列品種、規格、數量核准免稅，核准免稅後，主管徵稅的稅務機關填寫“出口捲菸已免稅證明”並直接寄送主管購貨方出口退稅的稅務機關。
1998年8月31日，國家稅務總局下發了《關於進一步加強出口捲菸稅收管理的通知》（國稅發［1998］123號）。通知規定對出口免稅捲菸實行指定海關出口的監管辦法。免稅出口捲菸須從黃埔、上海、大連、天津、寧波、滿洲里、霍爾果斯、阿拉山口、打洛、瑞麗、暉春、丹東海關（以上均不包括其下屬海關）直接報關出口，不得轉關出口。對從上述海關報關出口的免稅捲菸，主管捲菸出口企業退（免）稅的稅務機關不得核簽《準免證》，並通知主管捲菸生產企業徵稅的稅務機關依法予以補稅。
出口企業將免稅購進的出口捲菸出口後，憑出口貨物報關單（出口退稅聯）、收匯單、出口發票按月向主管其出口退稅的稅務機關辦理免稅核銷手續。
主管出口退稅的稅務機關就對出口企業填報的“準予免稅購進出口捲菸證明”的有關信息，根據電子化管理辦法進行信息對審，經審核無誤後簽署意見和印章（國稅發［1996］79號）。