一、有些企業在利用運輸發票抵扣增值稅方面存在許多問題，從稅務稽查的角度來看，我們認為作為接受運輸服務的企業，在接受運輸服務取得運輸隊發票進行抵扣增值稅時，還應該重點注意以下六個方面：
其一，注意發票開票單位是否合法。稅法明確規定，開票單位必須是經稅務機關批准，有自行開具運輸發票資格的企業，或者是主管地稅局以及經省級地稅局批准委託中介機構代開票單位代開的貨物運輸業發票。凡未經地稅局認定的納稅人開具的貨物運輸業發票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
其二，注意驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運輸票據是否在法定的期限內。舊運輸發票，國稅發[2003]120號檔案規定，納稅人必須於2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經領購的貨物運輸業發票，經稅務機關審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續使用；未繳回的貨物運輸業發票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。因此，納稅人應當注意檢查其時效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內容的“開票人專用章”和財務專用章。此外，《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理有關問題的通知》規定，如果地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。
其四，申報抵扣增值稅時的手續是否符合規定。取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號”欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運輸發票抵扣清單》信息採集軟體時應細心，如果某些地方輸入錯誤，經稅務機關與開具的電子信息比對不符，那么該筆運輸發票的進項稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的內海及近海貨物運輸發票，可暫填寫在《增值稅運輸發票抵扣清單》內河運輸欄內。
其五，增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上註明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別註明運費和雜費，對未分別註明，而合併註明為運雜費的不予抵扣。
其六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。
二、另外還有一些特殊情況的運輸發票抵扣
1、鐵路貨票。鐵路貨物運輸中多存在：有的納稅人自身運輸量少，無法以本公司名義向鐵路局單獨申請車皮計畫，故多被鐵路局歸併至一集合戶名下；或因自身貨物需儘快傳送，而借用他公司已申請但尚未使用的車皮計畫，等情形（其詳盡原因已超出筆者的知識掌控範圍，只能簡要述其可能大意），而此時就會導致取得的鐵路貨票上有兩個公司名稱，如：
實例1：某企業由河南購入煤炭，取得的鐵路貨票上為“河南玉泉煤炭銷售有限公司轉客戶公司名稱”，稅務局不予抵扣，理由是收貨人名稱不是、至少第一收貨人名稱並不是購煤企業。客戶每年支出大額此項貨物運輸費用，相應進項稅額的損失自然相當大。
一般納稅人購進或銷售貨物（東北以外地區固定資產除外）通過鐵路運輸，並取得鐵路部門開具的運輸發票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發票託運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發票託運人欄或備註欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運輸發票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。