隨著房地產市場的發展，國家對房地產開發的稅收調節力度進一步加大，伴隨著新的房地產企業所得稅政策的實施，新的土地增值稅政策又隨之推出。3月2日，財政部和國家稅務總局下發了《關於土地增值稅若干問題的通知》（財稅〔2006〕21號），對土地增值稅政策作了補充完善，並對政策執行過程中出現的問題作了明確。
明確普通標準住宅標準
《土地增值稅暫行條例》第八條規定，納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免徵土地增值稅。《財政部、國家稅務總局關於調整房地產市場若干稅收政策的通知》（財稅字〔1999〕210號）第三條規定，對居民個人擁有的普通住宅，在其轉讓時暫免徵收土地增值稅。但是，在“普通標準住宅”的標準認定上，稅法規定過於簡單。《土地增值稅暫行條例實施細則》第十一條規定，普通標準住宅，是指按所在地一般民用住宅標準建造的居住用住宅。高級公寓、別墅、度假村等不屬於普通標準住宅。普通標準住宅與其他住宅的具體劃分界限由各省、自治區、直轄市人民政府規定。
去年，國家在調整房地產營業稅政策時，統一制定了一個全國性的參照標準。這次土地增值稅政策的調整，為了統一執行標準，規定“普通標準住宅”一律按各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關於做好穩定住房價格工作意見的通知》（國辦發〔2005〕26號）制定並對社會公布的“中小套型、中低價位普通住房”的標準執行。即中小套型、中低價位普通住房原則上應同時滿足以下條件：住宅小區建築容積率在1.0以上、單套建築面積在120平方米以下、實際成交價格低於同級別土地上住房平均交易價格1.2倍以下。各省、自治區、直轄市要根據實際情況，制定本地區享受優惠政策普通住房的具體標準。允許單套建築面積和價格標準適當浮動，但向上浮動的比例不得超過上述標準的20%。
但是，財稅〔2006〕21號規定：對於在本檔案發布之日前已向房地產所在地地方稅務機關提出免稅申請，並經稅務機關按各省、自治區、直轄市人民政府原來確定的普通標準住宅的標準審核確定，免徵土地增值稅的普通標準住宅，不作追溯調整。
混合項目要分開核算
《土地增值稅暫行條例》第八條規定，土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。但是，對於既建普通標準住宅又搞其他類型房地產開發的混合項目，如何計稅的問題一直是徵稅機關與納稅人存在爭議的問題，《財政部、國家稅務總局關於土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字〔1995〕48號）作了規定，即對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用普通標準住宅的免稅規定。此次財稅〔2006〕21號檔案重新強調了這一規定：納稅人既建造普通住宅又建造其他商品房的，應分別核算土地增值額。但由於計算扣除項目的複雜性，計算方法有先按基本核算項目計算再按收入或面積分攤扣除項目的方法，還有先按面積分攤扣除項目再按規定計算的方法，而且不同的計算方法會產生迥然不同數額的結果。
轉讓舊房的計算操作性增強
按照稅法規定，轉讓舊房可以扣除的項目主要有三項：取得土地使用權所支付的金額，舊房及建築物的評估價格，與轉讓房地產有關的稅金。財稅字〔1995〕48號規定，轉讓舊房的，應按房屋及建築物的評估價格，取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計征土地增值稅。對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。而且對於個人購入房地產再轉讓的，其在購入時已繳納的契稅，在舊房及建築物的評估價中已包括了此項因素，在計征土地增值稅時，不另作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除。實際中，有些建築物評估價格存在不合理的現象。
為此，財稅〔2006〕21號檔案規定，納稅人轉讓舊房及建築物，凡不能取得評估價格但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，土地扣除項目和舊房建築物評估價格扣除項目的金額，可按發票所載金額並從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準予作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數。