從事應稅業務活動和不予徵稅業務活動的代表機構都應按照規定進行稅務登記和納稅申報，具體的納稅方式可分為四類：
（一）對從事商務、法律、稅務、會計、審計等各類諮詢服務性業務的代表機構，必須建立健全會計帳簿，統一採取據實申報納稅的方法。
（二）對從事貿易（包括自營貿易和代理貿易，既從事進口貿易代理，又從事出口貿易代理業務的代表機構）、廣告、旅遊等各類服務性業務的代表機構，統一按經費支出換算收入的辦法確定收入、計算納稅的方法。
（三）除上述兩類以外的從事其他業務活動（包括從事應稅業務活動和不予徵稅業務活動）的代表機構，凡在年度內取得經營活動業務收入的，應於實際取得業務收入當期的季度終了後15日內，向主管稅務機關申報所得稅，主管稅務機關原則上採用核定利潤率方法徵稅；凡當年度內沒有取得業務收入的，可以在年度終了後一個月內申報其年度業務活動或經營情況。
上述應稅業務活動包括：集團或控股公司設立的代表機構為其集團內公司提供的各項服務活動；銀行金融等機構設立的代表機構兼營的投資諮詢或其他諮詢服務；運輸企業設立的代表機構就運輸業務各環節為客戶提供的服務；代表機構為客戶提供其他應稅業務活動。
上述不予徵稅業務活動包括：代表機構僅為其總機構的產品生產製造以及銷售該自產產品的業務在中國進行了解市場情況、提供商情資料、聯絡及其他準備性、輔助性活動；代表機構接受中國境內企業委託，代理我國商品出口貿易業務。
（四）外國政府、非營利機構、各民間團體和國際組織等在京設立的代表機構，由代表機構向主管稅務機關提出免稅申請和相關證明檔案，經主管稅務機關審核後，層報國家稅務總局批准。此類代表機構，可在年度終了後一個月內，申報其年度業務或經營活動情況。
代表機構在辦理稅務登記時，應向主管稅務機關的稅務登記部門以下資料報送：
1、全國組織機構統一代碼證書；
2、銀行帳戶開戶證明；
3、外經貿部門的“批准證書”複印件；
4、“工商登記證”原件和複印件；
5、其他有關政府主管部門的批准檔案；
6、向外經貿部門申請設立代表機構時填寫的申請書的複印件；
7、稅務登記表及附表（一式三份）。
主管稅務機關的稅務登記部門對代表機構報送的上述資料進行書面審核，並及時辦理稅務登記。
有經常性的應稅業務活動的代表機構採取“按季度預繳，年終彙算清繳”方式申報納稅，即上述四類代表機構中的前兩類代表機構；對免稅的代表機構和上述第三類代表機構中當年度沒有業務收入的，可以在年度終了後一個月內，申報其年度業務活動或經營情況；上述第三類代表機構，在年度中實際取得業務收入的，採取“按次申報”的方式，即應於實際取得業務收入當期的季度終了後15日內，向主管稅務機關申報所得稅。此類代表機構年度終了後不再進行所得稅彙算清繳。
年度申報所得稅時，採取據實徵稅和按經費換算收入徵稅的兩類代表機構，應該在申報時附送註冊會計師的查帳報告；採取年度終了後一個月內進行年度所得稅申報的代表機構，應填寫年度所得稅申報表和《年度業務活動或經營情況說明書》，該說明書的主要內容包括：代表機構從事業務活動的方式、對象、業務經費來源渠道，以及代表機構辦公場所的面積和雇員人數等。